PDB-8ila: Crystal structure of LmbT from Streptomyces lincolnensis NRRL ISP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ila

タイトル

Crystal structure of LmbT from Streptomyces lincolnensis NRRL ISP-5355 in complex with substrates

要素

Glycosyltransferase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Glycosyltransferase

機能・相同性

Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-Q3L / D-inositol 3-phosphate glycosyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces lincolnensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Dai, Y. / Qiao, H. / Xia, M. / Fang, P. / Liu, W.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Low-Molecular-Weight Thiol Glycosylation in Lincomycin A Biosynthesis.
著者: Dai, Y. / Cheng, Y. / Ding, W. / Qiao, H. / Zhang, D. / Zhong, G. / Xia, M. / Tao, J. / Sun, P. / Fang, P. / Liu, W.

履歴

登録	2023年3月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ila.cif.gz	647.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ila.ent.gz	537.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ila.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ila_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ila_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8ila_validation.xml.gz	64.8 KB	表示
CIF形式データ	8ila_validation.cif.gz	86 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/8ila ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/il/8ila	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8il0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

C: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

D: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

201 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.382, 137.739, 146.101
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 49408.723 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lincolnensis (バクテリア) 遺伝子: GJU35_01490 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A9Y8T1
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-Q3L / (2~{S})-3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R},2~{R})-1-azanyl-2-oxidanyl-propyl]-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]sulfanyl-1~{H}-imidazol-5-yl]-2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)propanoic acid 分子量: 435.516 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₁N₄O₇S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.55 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 8% PEG 20000, 0.05 M Tris pH 8.5, 1.2 M Sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979183 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79→100.22 Å / Num. obs: 62181 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.79→2.94 Å / Num. unique obs: 9020 / CC_1/2: 0.828 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.79→68.87 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2792	3095	5 %
R_work	0.2379	-	-
obs	0.24	61919	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79→68.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13221	0	0	57	13278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.142	5004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	2024
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2433

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.79-2.83	0.3339	139	0.3482	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.88	0.4257	136	0.3273	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-2.93	0.3685	146	0.3159	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.98	0.3103	110	0.2978	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.04	0.2922	143	0.2904	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.1	0.3763	128	0.2945	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.17	0.3622	128	0.2957	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.24	0.3312	125	0.3126	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.32	0.351	152	0.3225	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.32-3.41	0.3475	161	0.2987	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.51	0.4088	135	0.3094	2547	X-RAY DIFFRACTION	96
3.51-3.62	0.2632	124	0.2488	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.75	0.3351	135	0.2837	2571	X-RAY DIFFRACTION	96
3.75-3.9	0.3316	130	0.272	2611	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9-4.08	0.2672	128	0.2352	2640	X-RAY DIFFRACTION	97
4.08-4.3	0.2387	129	0.2019	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.57	0.2292	141	0.1905	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
4.57-4.92	0.25	147	0.2014	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
4.92-5.41	0.2483	176	0.2123	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
5.41-6.19	0.2735	167	0.2137	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-7.8	0.24	153	0.2088	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
7.8-68.87	0.2131	162	0.1769	2834	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 39.3314 Å / Origin y: 20.9171 Å / Origin z: 31.341 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.58 Å²	-0.0372 Å²	0.0024 Å²	-	0.5675 Å²	0.0606 Å²	-	-	0.5726 Å²
L	0.4338 °²	-0.1076 °²	-0.021 °²	-	0.3606 °²	-0.0572 °²	-	-	0.3631 °²
S	-0 Å °	-0.0662 Å °	-0.0756 Å °	0.0701 Å °	0.0372 Å °	0.0727 Å °	0.0597 Å °	-0.0659 Å °	-0.0424 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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