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- PDB-8il7: Structure of human soluble Adenylyl Cyclase in complex with lactate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8il7
タイトルStructure of human soluble Adenylyl Cyclase in complex with lactate
要素Adenylate cyclase type 10
キーワードLYASE / SAC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / glucose catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of mitophagy ...negative regulation of cardiac muscle cell contraction / mitochondrial ATP transmembrane transport / bicarbonate binding / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / neuron projection retraction / astrocyte end-foot / central region of growth cone / glucose catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / regulation of mitophagy / regulation of membrane repolarization / adenylate cyclase / basal part of cell / positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cAMP biosynthetic process / positive regulation of ossification / adenylate cyclase activity / neuron projection extension / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / spermatid development / positive regulation of ATP biosynthetic process / negative regulation of mitochondrial membrane potential / positive regulation of axon extension / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / Hedgehog 'off' state / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / neuron projection maintenance / apical part of cell / manganese ion binding / ATPase binding / cytoskeleton / intracellular signal transduction / cilium / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / magnesium ion binding / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate cyclase, type 10 / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / Adenylate cyclase type 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Li, Q.J. / Li, Z.L. / Gao, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130057 中国
引用ジャーナル: Cell Metab. / 年: 2023
タイトル: Lactate modulates iron metabolism by binding soluble adenylyl cyclase.
著者: Liu, W. / Zhang, S. / Li, Q. / Wu, Y. / Jia, X. / Feng, W. / Li, Z. / Shi, Y. / Hou, Q. / Ma, J. / Liu, Y. / Gao, P. / Ganz, T. / Liu, S.
履歴
登録2023年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6365
ポリマ－54,2701
非ポリマー3664
水4,576254
1
A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子

A: Adenylate cyclase type 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,90815
ポリマ－162,8093
非ポリマー1,09912
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area53850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.280, 99.280, 98.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Adenylate cyclase type 10 / AH-related protein / Adenylate cyclase homolog


分子量: 54269.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADCY10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96PN6, adenylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-2OP / (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID / L-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic, 15% PEG 3350, 0.1 M sodium lactate pH 3.8, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→49.64 Å / Num. obs: 40207 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.05 Å / Num. unique obs: 5705 / CC1/2: 0.857

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→49.64 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1885 2003 4.98 %
Rwork0.1628 --
obs0.1642 40207 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 24 254 3924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0143796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3225138
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.466509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072567
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01656
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-20.21571490.16542724X-RAY DIFFRACTION100
2-2.050.18281620.14962698X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.110.20291210.15582729X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.23781540.15682692X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.260.19121360.1542749X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.350.20061380.15522716X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.460.18351470.15412725X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.590.22871390.16192723X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.750.19451100.16972770X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.960.20431560.17462701X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.260.16651290.16782753X-RAY DIFFRACTION100
3.26-3.730.17381510.15452725X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.70.14831610.14242739X-RAY DIFFRACTION100
4.7-49.640.22111500.19482760X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -32.347 Å / Origin y: 6.573 Å / Origin z: 0.4007 Å
111213212223313233
T0.173 Å20.0124 Å2-0.0098 Å2-0.1166 Å20.0102 Å2--0.1755 Å2
L0.4933 °2-0.0008 °20.0018 °2-0.5356 °20.4027 °2--1.1594 °2
S0.0085 Å °-0.002 Å °-0.1165 Å °0.0827 Å °-0.0111 Å °-0.0503 Å °0.2683 Å °0.0723 Å °0.0043 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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