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- PDB-8ikw: A complex structure of PGIP-PG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ikw
タイトルA complex structure of PGIP-PG
要素
  • Endo-polygalacturonase
  • Polygalacturonase inhibitor 2
キーワードHYDROLASE / PGIP / polygalacturonase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-polygalacturonase / polygalacturonase activity / pectin catabolic process / defense response / cell wall organization / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Leucine Rich Repeat ...: / : / Polygalacturonase active site. / Glycoside hydrolase, family 28 / Glycosyl hydrolases family 28 / Leucine-rich repeat-containing N-terminal, plant-type / Leucine rich repeat N-terminal domain / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Leucine Rich Repeat / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
endo-polygalacturonase / Polygalacturonase inhibitor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
Fusarium phyllophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Xiao, Y. / Chai, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: A plant mechanism of hijacking pathogen virulence factors to trigger innate immunity.
著者: Xiao, Y. / Sun, G. / Yu, Q. / Gao, T. / Zhu, Q. / Wang, R. / Huang, S. / Han, Z. / Cervone, F. / Yin, H. / Qi, T. / Wang, Y. / Chai, J.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polygalacturonase inhibitor 2
B: Endo-polygalacturonase
C: Polygalacturonase inhibitor 2
E: Polygalacturonase inhibitor 2
G: Polygalacturonase inhibitor 2
D: Endo-polygalacturonase
F: Endo-polygalacturonase
H: Endo-polygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)287,16520
ポリマ－280,9858
非ポリマー6,18012
水43,1462395
1
A: Polygalacturonase inhibitor 2
B: Endo-polygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9745
ポリマ－70,2462
非ポリマー1,7283
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Polygalacturonase inhibitor 2
D: Endo-polygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5205
ポリマ－70,2462
非ポリマー1,2733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Polygalacturonase inhibitor 2
F: Endo-polygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1525
ポリマ－70,2462
非ポリマー1,9063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Polygalacturonase inhibitor 2
H: Endo-polygalacturonase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5205
ポリマ－70,2462
非ポリマー1,2733
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.727, 105.218, 113.821
Angle α, β, γ (deg.)63.93, 89.12, 86.27
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Polygalacturonase inhibitor 2 / Polygalacturonase-inhibiting protein 2 / PGIP-2


分子量: 34023.824 Da / 分子数: 4 / 変異: N303D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 遺伝子: PGIP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P58822
#2: タンパク質
Endo-polygalacturonase


分子量: 36222.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium phyllophilum (菌類) / 遺伝子: FPHYL_6983 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A8H5NAM9

-
糖 , 5種, 12分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 1種, 2395分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1% w/v n-Octyl-beta-D-glucoside, 0.1M Na citrate tribasic dihydrate pH 5.5, 22% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→50 Å / Num. obs: 202233 / % possible obs: 85.6 % / 冗長度: 1.2 % / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Χ2: 0.141 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 447435
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.93-1.961.20.603179550.81185.8
1.96-21.20.526179390.787185.1
2-2.041.20.463176750.779184.7
2.04-2.081.20.416173170.841182.2
2.08-2.121.20.364174120.92182.3
2.12-2.171.20.326181750.868186.6
2.17-2.231.20.287176900.984184.7
2.23-2.291.20.242175001.024183.4
2.29-2.361.30.224185611.028188.4
2.36-2.431.30.218185971.055188.3
2.43-2.521.30.192185131.162187.7
2.52-2.621.20.169180901.311186.1
2.62-2.741.20.151178441.442185.2
2.74-2.881.30.134182921.464187.5
2.88-3.061.20.12180641.582185.9
3.06-3.31.30.099187511.85189.4
3.3-3.631.30.086182362.314186.7
3.63-4.161.20.081176473.16184
4.16-5.241.20.084180113.989185.6
5.24-501.20.095172994.066182.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.20.1-4487精密化
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→34.29 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2325 10099 5 %
Rwork0.1919 --
obs0.1939 201788 95.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→34.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19648 0 410 2395 22453
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01520434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.91527846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3392955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1153351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0193604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.94-1.960.30822670.24434913X-RAY DIFFRACTION73
1.96-1.990.2823220.2336323X-RAY DIFFRACTION95
1.99-2.010.26623260.22526457X-RAY DIFFRACTION96
2.01-2.030.30053340.23096417X-RAY DIFFRACTION95
2.03-2.060.27353540.22646313X-RAY DIFFRACTION95
2.06-2.090.26673250.22156415X-RAY DIFFRACTION95
2.09-2.120.28923360.21846424X-RAY DIFFRACTION96
2.12-2.150.28113630.21646478X-RAY DIFFRACTION96
2.15-2.180.28353370.20846353X-RAY DIFFRACTION96
2.18-2.220.28623200.216441X-RAY DIFFRACTION96
2.22-2.260.25493240.20856441X-RAY DIFFRACTION96
2.26-2.30.2323120.20226549X-RAY DIFFRACTION96
2.3-2.340.25713270.19896417X-RAY DIFFRACTION96
2.34-2.390.23873410.20546503X-RAY DIFFRACTION97
2.39-2.440.26523290.20346531X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.50.2463430.20056447X-RAY DIFFRACTION97
2.5-2.560.25923420.20366427X-RAY DIFFRACTION96
2.56-2.630.23683360.1896536X-RAY DIFFRACTION97
2.63-2.710.25333340.20316523X-RAY DIFFRACTION97
2.71-2.80.26033660.20296431X-RAY DIFFRACTION97
2.8-2.90.26073520.20416467X-RAY DIFFRACTION97
2.9-3.010.24443740.20146516X-RAY DIFFRACTION97
3.01-3.150.24053580.20056536X-RAY DIFFRACTION97
3.15-3.320.20943270.19276493X-RAY DIFFRACTION97
3.32-3.520.21763720.18196446X-RAY DIFFRACTION97
3.52-3.80.20293200.16586454X-RAY DIFFRACTION96
3.8-4.180.17093370.15636419X-RAY DIFFRACTION96
4.18-4.780.17543680.14476346X-RAY DIFFRACTION95
4.78-6.020.19873510.17666463X-RAY DIFFRACTION97
6.02-34.290.21043020.19086210X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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