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- PDB-8ikr: Crystal structure of DpaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ikr
タイトルCrystal structure of DpaA
要素YkuD domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan / amidase / YukD
機能・相同性L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / transferase activity / YkuD domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli 908519 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wang, H.-J. / Hsieh, K.-Y. / Lee, S.-H. / Chang, C.-I.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science Council (NSC, Taiwan)NSTC108-2320-B-001-011-MY3 台湾
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the hydrolytic activity of the transpeptidase-like protein DpaA to detach Braun's lipoprotein from peptidoglycan.
著者: Wang, H.J. / Hernandez-Rocamora, V.M. / Kuo, C.I. / Hsieh, K.Y. / Lee, S.H. / Ho, M.R. / Tu, Z. / Vollmer, W. / Chang, C.I.
履歴
登録2023年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YkuD domain-containing protein
B: YkuD domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3382
ポリマ－54,3382
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.876, 86.876, 150.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 YkuD domain-containing protein


分子量: 27168.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli 908519 (大腸菌) / 遺伝子: HMPREF1604_05013 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V0UTF7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 19-25% (w/v) PEG 3350, 0.1M Bis-Tris-HCl, pH 6-7, 0.2M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→28.47 Å / Num. obs: 13361 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 26.07
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / Rmerge(I) obs: 0.2015 / Num. unique obs: 1280 / CC1/2: 0.982

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→28.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 55.802 / SU ML: 0.427 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.395 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2737 661 4.9 %RANDOM
Rwork0.21461 ---
obs0.21747 12702 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 111.576 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→28.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3033 0 0 0 3033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0123106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8551.6634169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7851.5786693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.55360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.439518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.11310542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.93611.0141473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.93611.0151473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.75219.7021822
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.75119.7071823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10511.5071633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.10411.5121634
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.86721.0292348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.394110.393503
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.394110.393503
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.71736010
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 50 -
Rwork0.364 861 -
obs--98.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.86560.63071.31343.22712.56327.3448-0.0645-0.05750.04070.07510.03160.478-0.43160.37560.03290.3844-0.02410.15230.3906-0.0230.50120.1524-0.892220.1428
226.7035-45.5269-31.526177.803753.832837.29130.29280.5562-0.2060.003-0.79680.451-0.0188-0.63690.5041.2575-0.25420.37890.84490.29080.93918.2438-13.428533.7329
34.93810.20182.22672.79930.88246.2792-0.01830.22530.0951-0.0685-0.00430.6813-0.49370.17230.02260.3215-0.01850.15810.2914-0.0320.564515.9837-2.606915.7058
41.4489-0.63690.49423.09371.58132.32490.3347-0.85490.31271.1218-0.56440.41060.181-0.66870.22971.5653-0.30220.50711.6194-0.20650.544421.06145.165252.506
53.38041.78511.69323.78712.81263.8530.3948-1.51480.49290.951-0.81390.559-0.0463-0.76750.41911.2489-0.19110.44581.3501-0.32910.457918.74669.199648.8716
64.01690.62460.81620.15690.28080.56660.1801-0.98760.16890.4032-0.37320.07251.0299-0.74910.19312.8095-0.71480.58212.6426-0.28620.571516.62663.475567.7814
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2A103 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 229
4X-RAY DIFFRACTION4B36 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5B110 - 173
6X-RAY DIFFRACTION6B174 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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