PDB-8ik1: EstL5 in complex of PMSF

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ik1

タイトル

EstL5 in complex of PMSF

要素

GDSL family lipase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Complex / PMSF / Hexandiol

機能・相同性

: / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / phosphatidylcholine lysophospholipase activity / HEXANE-1,6-DIOL / GDSL family lipase

機能・相同性情報

生物種

Geobacillus sp. PA-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Chen, R. / Zhang, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: EstL5 in complex of PMSF
著者: Chen, R. / Zhang, Y.

履歴

登録	2023年2月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年6月21日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ik1.cif.gz	176 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ik1.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ik1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8ik1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ik/8ik1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GDSL family lipase

B: GDSL family lipase

ヘテロ分子

52 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GDSL family lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GDSL family lipase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.153, 105.153, 128.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	GDSL family lipase 分子量: 25894.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus sp. PA-3 (バクテリア) 遺伝子: GEPA3_1571 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0Q0YZM0
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.01 M CoCl2-6H2O, pH 4.8 0.1 M Sodium acetate and 1 M 1,6-Hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→105.15 Å / Num. obs: 29348 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.47 Å / 冗長度: 7.8 % / Num. unique obs: 4241 / CC_1/2: 0.87 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.1	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→29.51 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	1467	5.01 %
R_work	0.2107	-	-
obs	0.2126	29305	95.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3230	0	16	41	3287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.506	4451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.174	1233
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	503
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.43	0.3614	133	0.333	2768	X-RAY DIFFRACTION	96
2.43-2.53	0.3194	126	0.2914	2803	X-RAY DIFFRACTION	97
2.53-2.64	0.3128	151	0.2481	2767	X-RAY DIFFRACTION	97
2.64-2.78	0.3169	158	0.2536	2741	X-RAY DIFFRACTION	96
2.78-2.96	0.2956	148	0.2613	2771	X-RAY DIFFRACTION	96
2.96-3.18	0.2878	161	0.2655	2785	X-RAY DIFFRACTION	96
3.18-3.5	0.2666	140	0.2363	2761	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5-4.01	0.2814	143	0.2118	2784	X-RAY DIFFRACTION	95
4.01-5.05	0.2102	146	0.1746	2786	X-RAY DIFFRACTION	94
5.05-29.51	0.2067	161	0.1786	2872	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8751	-0.0438	-2.8725	2.9855	1.622	5.0526	0.1501	0.0375	0.191	-0.2866	-0.1422	-0.3105	-0.4234	0.5229	-0.0002	0.4438	-0	0.0419	0.5005	0.0486	0.4634	46.7909	-1.5654	7.2243
2	6.5507	-2.7861	3.3325	8.4224	0.8838	6.6785	-0.0241	0.0647	0.4189	0.0554	-0.1252	-0.4296	-0.5893	0.4044	0.1212	0.4755	-0.0605	0.0641	0.3383	-0.0248	0.4191	40.0426	7.9323	17.066
3	6.103	3.6319	-5.4455	3.3142	-2.7902	5.0732	0.0694	-1.0304	-0.7632	1.024	-0.5054	-0.8184	-0.33	0.5356	0.4069	0.6009	-0.0485	-0.0855	0.5922	0.0537	0.5566	38.1903	-6.0303	32.4834
4	4.1724	1.1884	-2.0413	5.5293	-3.4634	3.9833	0.0343	-0.3427	-0.0874	0.8223	-0.1184	0.1972	-0.7184	-0.7205	-0.0328	0.5544	0.0283	0.0604	0.5017	-0.0712	0.5195	29.3622	2.1314	25.5708
5	5.3957	-0.2636	-0.1253	8.4809	-0.479	4.8652	-0.3903	-0.1968	-0.5694	0.5656	0.1624	-0.3373	-0.2393	-0.1414	-0.0619	0.3582	-0.0246	0.0622	0.4754	-0.0563	0.47	37.2097	-8.7571	19.2547
6	8.0957	-5.0462	3.4773	7.4057	-4.7317	8.247	-0.6542	-0.1254	0.961	0.3579	-0.3325	-0.5157	0.0614	-0.4682	0.7604	0.5596	-0.0443	0.0957	0.4212	-0.0353	0.4362	29.8134	-10.289	24.5373
7	6.3474	0.689	-0.0649	1.9897	0.9484	2.7038	-0.1963	0.0876	-0.9221	-0.0542	0.1681	-0.4157	0.3805	0.1869	0.0227	0.4993	0.0277	0.0904	0.3899	-0.0506	0.5075	42.0958	-12.3086	14.7534
8	5.7661	0.2607	-1.4705	4.1383	-0.1945	3.3747	-0.2005	0.4946	-0.9455	-0.2904	-0.1126	0.0908	0.6257	-0.3504	0.2858	0.7635	-0.2092	0.1817	0.5737	-0.223	0.73	26.0763	-31.2758	10.0855
9	4.7832	0.3313	0.0615	4.8918	-1.065	3.3475	-0.2637	0.7363	-0.1767	-0.414	0.1106	0.2814	0.1271	-0.3489	0.1349	0.5039	-0.1316	0.0489	0.5552	-0.1305	0.4701	26.0852	-17.3106	8.6827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 129 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 130 through 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 146 through 170 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 171 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 191 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 212 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 52 through 179 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 180 through 258 )

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