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万見
- PDB-8ik0: Cryo-EM structure of Stimulator of interferon genes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ik0
タイトルCryo-EM structure of Stimulator of interferon genes
要素Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
キーワードIMMUNE SYSTEM / adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / proton channel activity / reticulophagy / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly ...STING mediated induction of host immune responses / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / cGAS/STING signaling pathway / proton channel activity / reticulophagy / protein complex oligomerization / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / autophagosome / Neutrophil degranulation / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Type six secretion immunity 3 domain / : / STING transmembrane domain / : / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / STING ligand-binding domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein / Immune protein Tsi3
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lu, D.F. / Shang, G.J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2301400 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: The mechanism of STING autoinhibition and activation.
著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / ...著者: Sheng Liu / Bo Yang / Yingxiang Hou / Kaige Cui / Xiaozhu Yang / Xiaoxiong Li / Lianwan Chen / Shichao Liu / Zhichao Zhang / Yuanyuan Jia / Yufeng Xie / Ying Xue / Xiaomei Li / Bingxue Yan / Changxin Wu / Wen Deng / Jianxun Qi / Defen Lu / George F Gao / Peiyi Wang / Guijun Shang /
要旨: 2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the ...2',3'-cGAMP, produced by the DNA sensor cGAS, activates stimulator of interferon genes (STING) and triggers immune response during infection. Tremendous effort has been placed on unraveling the mechanism of STING activation. However, little is known about STING inhibition. Here, we found that apo-STING exhibits a bilayer with head-to-head as well as side-by-side packing, mediated by its ligand-binding domain (LBD). This type of assembly holds two endoplasmic reticulum (ER) membranes together not only to prevent STING ER exit but also to eliminate the recruitment of TBK1, representing the autoinhibited state of STING. Additionally, we obtained the filament structure of the STING/2',3'-cGAMP complex, which adopts a bent monolayer assembly mediated by LBD and transmembrane domain (TMD). The active, curved STING polymer could deform ER membrane to support its ER exit and anterograde transportation. Our data together provide a panoramic vision regarding STING autoinhibition and activation, which adds substantially to current understanding of the cGAS-STING pathway.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年5月17日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年5月17日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
B: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
C: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
F: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
D: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
G: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
E: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3
H: Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)442,2598
ポリマ－442,2598
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Stimulator of interferon genes protein,Immune protein Tsi3 / STING / Transmembrane protein 173 / Anti-toxin protein Tsi3


分子量: 55282.332 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: STING1, STING, TMEM173, tsi3, PA3485 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E1C7U0, UniProt: Q9HYC4
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: fiber of adaptor protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20mM HEPES, 150mM NaCl, 1mM TCEP, 0.03% DDM/CHS(5:1)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1057869 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00219932
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55127076
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.6362756
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0373196
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053384

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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