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万見
- PDB-8iju: ATP-dependent RNA helicase DDX39A (URH49delta41) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iju
タイトルATP-dependent RNA helicase DDX39A (URH49delta41)
要素ATP-dependent RNA helicase DDX39A
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / ATP-dependent RNA helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / ATP hydrolysis activity ...mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / RNA export from nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / mRNA export from nucleus / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / ヘリカーゼ / nuclear speck / ATP hydrolysis activity / RNA binding / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal ...RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / リン酸塩 / ATP-dependent RNA helicase DDX39A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Mikami, B. / Fujita, K. / Masuda, S. / Kojima, M.
資金援助 日本, 7件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26292053 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K19232 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K22280 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H02884 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K19078 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)22H02264 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K15807 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural differences between the closely related RNA helicases, UAP56 and URH49, fashion distinct functional apo-complexes.
著者: Fujita, K.I. / Ito, M. / Irie, M. / Harada, K. / Fujiwara, N. / Ikeda, Y. / Yoshioka, H. / Yamazaki, T. / Kojima, M. / Mikami, B. / Mayeda, A. / Masuda, S.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX39A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,96622
ポリマ－45,5091
非ポリマー1,45721
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, monomer in solution
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.974, 96.606, 59.755
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX39A / DEAD box protein 39 / Nuclear RNA helicase URH49


分子量: 45508.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX39A, DDX39 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O00148, ヘリカーゼ
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 % / 解説: rectangle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 mM Na2PO4, 30 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 68537 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.82→1.93 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 10621 / CC1/2: 0.843 / Rrim(I) all: 0.481 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.82→37.5 Å / SU ML: 0.2158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9307
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 1749 5 %
Rwork0.1843 33209 -
obs0.1862 34958 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→37.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 92 177 3308
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85864359
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0565480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.52891278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.880.31191310.26262492X-RAY DIFFRACTION90.54
1.88-1.940.31881490.23882816X-RAY DIFFRACTION99.63
1.94-2.010.28141450.23142760X-RAY DIFFRACTION99.97
2.01-2.090.25211470.21712793X-RAY DIFFRACTION99.97
2.09-2.180.23771460.2072773X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.30.2591470.20082794X-RAY DIFFRACTION99.97
2.3-2.440.24511460.20082765X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.630.24781460.19542789X-RAY DIFFRACTION99.97
2.63-2.890.23361480.19342805X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.310.24131470.18062786X-RAY DIFFRACTION100
3.31-4.170.18961480.1572813X-RAY DIFFRACTION99.93
4.17-37.50.17091490.16062823X-RAY DIFFRACTION99.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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