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万見
- PDB-8ij9: Crystal structure of the ELKS1/Rab6B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ij9
タイトルCrystal structure of the ELKS1/Rab6B complex
要素
  • ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
  • Ras-related protein Rab-6B
キーワードPROTEIN BINDING / small GTPase / scaffold protein / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / maintenance of presynaptic active zone structure / structural constituent of presynaptic active zone / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein localization to Golgi membrane / IkappaB kinase complex ...regulation of calcium-dependent activation of synaptic vesicle fusion / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / maintenance of presynaptic active zone structure / structural constituent of presynaptic active zone / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / protein localization to Golgi membrane / IkappaB kinase complex / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / podosome / anchoring junction / synaptic vesicle priming / Golgi organization / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / presynaptic cytosol / endomembrane system / small monomeric GTPase / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / intracellular protein transport / small GTPase binding / synaptic vesicle / protein transport / presynapse / cytoplasmic vesicle / postsynaptic density / ciliary basal body / Golgi membrane / GTPase activity / synapse / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...Active zone protein ELKS / RIM-binding protein of the cytomatrix active zone / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Ras-related protein Rab-6B / ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Jin, G. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971131 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32170697 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of ELKS/Rab6B interaction and its role in vesicle capturing enhanced by liquid-liquid phase separation.
著者: Jin, G. / Lin, L. / Li, K. / Li, J. / Yu, C. / Wei, Z.
履歴
登録2023年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6B
B: Ras-related protein Rab-6B
C: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
D: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3789
ポリマ－57,1334
非ポリマー1,2455
水4,071226
1
A: Ras-related protein Rab-6B
C: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1144
ポリマ－28,5672
非ポリマー5472
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12090 Å2
手法PISA
2
B: Ras-related protein Rab-6B
D: ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2645
ポリマ－28,5672
非ポリマー6983
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.193, 93.227, 53.077
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6B


分子量: 19641.350 Da / 分子数: 2 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab6b, D9Bwg0185e / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61294, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 ELKS/Rab6-interacting/CAST family member 1 / ERC-1 / CAZ-associated structural protein 2 / CAST2 / Rab6-interacting protein 2


分子量: 8925.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Erc1, Cast2, Elks, Rab6ip2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q811U3

-
非ポリマー , 4種, 231分子

#3: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5 and 42 % v/v Polyethylene glycol 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL10U2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→51.56 Å / Num. obs: 26796 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 2.2 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 59879
反射 シェル解像度: 2.04→2.15 Å / % possible obs: 61.6 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.294 / Num. measured all: 4710 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.254 / Rrim(I) all: 0.39 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I) obs: 2.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.19.2精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→51.56 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 1273 4.78 %
Rwork0.1719 --
obs0.1745 26635 89.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→51.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3806 0 76 226 4108
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013945
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1295320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1861519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062615
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04-2.120.3241810.21311595X-RAY DIFFRACTION51
2.12-2.220.22781530.19652923X-RAY DIFFRACTION95
2.22-2.340.24321130.19122357X-RAY DIFFRACTION75
2.34-2.480.26871670.18282976X-RAY DIFFRACTION97
2.48-2.670.26751410.18383097X-RAY DIFFRACTION98
2.67-2.940.27021470.19173099X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.370.2351460.18133095X-RAY DIFFRACTION99
3.37-4.240.21361580.15123074X-RAY DIFFRACTION98
4.24-51.560.17741670.15643146X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1589-0.3940.29331.48310.08861.11720.0523-0.0656-0.06810.1052-0.07170.06870.0716-0.11630.0350.1716-0.02670.02340.2277-0.01470.217911.638-24.779518.3856
23.33040.06921.36284.24143.79558.6662-0.1029-0.12460.15320.19960.1862-0.2753-0.28530.4116-0.07430.21710.005-0.02610.19660.02440.26499.6659-15.643923.2496
32.8664-0.47870.12090.73250.37621.41240.09140.27810.1289-0.2358-0.0884-0.046-0.119-0.02930.00490.24170.01150.01560.20880.01320.186615.8237-22.1866.4183
43.1925-2.07480.84663.0705-0.38013.03810.16420.31650.3701-0.3557-0.1346-0.2682-0.140.33230.05580.1791-0.01820.02010.22130.03160.269726.7511-20.712711.1192
55.2905-2.09620.61348.308-0.85133.8669-0.2239-0.27810.41960.58280.0046-0.1691-0.54160.3870.21950.2098-0.026-0.04590.25620.00350.25819.7791-15.114321.5267
68.0641.5383.55765.01152.11558.0803-0.353-0.18070.76370.54750.24260.0399-0.43210.43630.09930.30560.0431-0.01040.2213-0.0360.27741.065-32.303539.3708
71.5776-0.05560.3531.21230.31942.1846-0.0078-0.065-0.02380.1010.0238-0.02690.0606-0.072-0.00810.1760.00240.0040.15320.01440.1724-5.049-41.58834.1126
83.4801-0.59620.18781.8362-0.34491.6211-0.07450.07390.14270.0471-0.00130.0427-0.0842-0.01490.08260.1974-0.01770.00390.18690.02810.1756-5.7447-36.363322.8872
94.0033-0.06022.44283.49030.75492.0903-0.03140.42830.1482-0.4035-0.04860.0066-0.29910.3024-0.01060.26410.01680.06410.2149-0.00840.3349-3.9993-14.312314.9227
102.13460.30390.7872.2873-0.30779.70370.1051-0.0072-0.22720.12630.02710.07630.3551-0.4944-0.06660.2259-0.02320.06450.22990.01210.3942-6.3494-22.144619.6416
114.3844-0.1493-0.38761.73980.154.2807-0.0541-0.0389-0.11770.13320.0160.05010.1141-0.18850.07710.2754-0.0268-0.02650.1452-0.00980.1335-3.5748-38.632352.186
125.9486-0.86322.25851.56491.1472.78541.0268-0.5529-0.83450.2337-0.3529-0.21220.3533-0.0353-0.60980.5480.0159-0.04130.23120.05030.35664.4847-46.763350.0437
133.37972.7766-0.9112.58190.29253.80930.3393-1.0098-0.00080.7753-1.1660.4187-0.11730.38030.70460.8555-0.21090.10140.5374-0.06450.8709-24.0924-51.491750.794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 69 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 138 through 162 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 163 through 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 10 through 19 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 115 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 116 through 175 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 849 through 880 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 881 through 919 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 846 through 880 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 881 through 914 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 915 through 919 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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