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- PDB-8ii9: crystal structure of Hyp mutant from Hypoxylon sp. E7406B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ii9
タイトルcrystal structure of Hyp mutant from Hypoxylon sp. E7406B
要素Terpene synthase
キーワードTRANSFERASE / Terpene synthetase
機能・相同性Terpene synthase family 2, C-terminal metal binding / Isoprenoid synthase domain superfamily / Terpene synthase
機能・相同性情報
生物種Hypoxylon sp. E7406B (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Li, Q. / Han, X. / Wei, H.L. / Dai, Z.J. / Su, L.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: crystal structure of Hyp
著者: Gao, J. / Liu, W.D. / Li, Q. / Han, X. / Wei, H.L. / Dai, Z.J. / Su, L.Q.
履歴
登録2023年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terpene synthase
B: Terpene synthase
C: Terpene synthase
D: Terpene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,6654
ポリマ－166,6654
非ポリマー00
水3,711206
1
A: Terpene synthase

D: Terpene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3332
ポリマ－83,3332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_564x,y+1,z-11
Buried area1860 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
2
B: Terpene synthase

C: Terpene synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3332
ポリマ－83,3332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.848, 86.155, 102.173
Angle α, β, γ (deg.)77.490, 85.950, 87.720
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...
21(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...
31(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...
41(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALA(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA1 - 821 - 82
12LYSLYSALAALA(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA101 - 103101 - 103
13METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA1 - 3671 - 367
14METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA1 - 3671 - 367
15METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA1 - 3671 - 367
16METMETPROPRO(chain A and (resid 1 through 82 or (resid 101...AA1 - 3671 - 367
21METMETGLNGLN(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 211 - 21
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB2222
23METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 3671 - 367
24METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 3671 - 367
25METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 3671 - 367
26METMETPROPRO(chain B and (resid 1 through 21 or (resid 22...BB1 - 3671 - 367
31METMETGLNGLN(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC1 - 211 - 21
32GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC2222
33METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC1 - 3671 - 367
34METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC1 - 3671 - 367
35METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC1 - 3671 - 367
36METMETPROPRO(chain C and (resid 1 through 21 or (resid 22...CC1 - 3671 - 367
41METMETGLNGLN(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD1 - 211 - 21
42GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD2222
43METMETLYSLYS(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD1 - 3661 - 366
44METMETLYSLYS(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD1 - 3661 - 366
45METMETLYSLYS(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD1 - 3661 - 366
46METMETLYSLYS(chain D and (resid 1 through 21 or (resid 22...DD1 - 3661 - 366

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要素

#1: タンパク質
Terpene synthase


分子量: 41666.305 Da / 分子数: 4 / 変異: N135A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hypoxylon sp. E7406B (菌類) / 遺伝子: Hyp3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023W2U8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 13% PEG4000, 0.1 M Na3Cit, pH5.6, 0.15 M NaCl, 0.01 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.17→72.31 Å / Num. obs: 78953 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.78 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.17→2.23 Å / Num. unique obs: 5754 / CC1/2: 0.61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.17→34.79 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 33.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2631 3924 4.98 %
Rwork0.2237 74849 -
obs0.2257 78773 97.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.72 Å2 / Biso mean: 57.7706 Å2 / Biso min: 26.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.17→34.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10258 0 0 206 10464
Biso mean---51.47 -
残基数----1301
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3928X-RAY DIFFRACTION10.909TORSIONAL
12B3928X-RAY DIFFRACTION10.909TORSIONAL
13C3928X-RAY DIFFRACTION10.909TORSIONAL
14D3928X-RAY DIFFRACTION10.909TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.17-2.250.42373860.40077340772696
2.25-2.340.36183970.34627429782697
2.34-2.440.3443780.30437463784197
2.44-2.570.34164070.28067485789298
2.57-2.730.35433830.28117515789898
2.73-2.940.29973920.25077455784798
2.94-3.240.31284000.2527505790598
3.24-3.710.25483950.21447539793498
3.71-4.670.21264000.17747572797299
4.67-34.790.19643860.1747546793298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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