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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ihg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aminophenol dioxygenase from Pseudomonas species AP-3 | ||||||
要素 | (2-aminophenol 1,6-dioxygenase ...) x 2 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / 2-aminophenol degradation. 2-aminophenol 1 / 6-dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (シュードモナス属) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.858 Å | ||||||
データ登録者 | Shi, Q.L. / Su, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of aminophenol dioxygenase from Pseudomonas species AP-3 著者: Shi, Q.L. / Su, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ihg.cif.gz | 451.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ihg.ent.gz | 370.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ihg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ihg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-2-aminophenol 1,6-dioxygenase ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 34483.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (シュードモナス属) 遺伝子: amnB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33477, 2-aminophenol 1,6-dioxygenase #2: タンパク質 | 分子量: 29459.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (シュードモナス属) 遺伝子: amnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33478 |
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-非ポリマー , 4種, 119分子
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.73 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 21% v/v polyethylene glycol 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.858→81.912 Å / Num. obs: 51097 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.86→3.01 Å / Num. unique obs: 7316 / CC1/2: 0.872 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.858→81.912 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.858→81.912 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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