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- PDB-8ihe: Rv1122(gnd2) in Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ihe
タイトルRv1122(gnd2) in Mycobacterium tuberculosis
要素Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / dehydrogenase (脱水素酵素) / tetramer (四量体)
機能・相同性
機能・相同性情報


organic acid catabolic process / D-gluconate metabolic process / phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity / pentose-phosphate shunt / NADP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
6-phosphogluconate dehydrogenase, YqeC-type / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal / ホスホグルコン酸-2-デヒドロゲナーゼ / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal domain / 6-phosphogluconate dehydrogenase, NADP-binding / NAD binding domain of 6-phosphogluconate dehydrogenase / 6-phosphogluconate dehydrogenase, domain 2 / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Chen, Y.J. / Su, D.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670737 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Rv1122(gnd2) in Mycobacterium tuberculosis
著者: Chen, Y.J. / Su, D.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2
B: Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2
C: Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2
D: Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,6004
ポリマ－145,6004
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29930 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area44740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.991, 107.246, 137.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Probable 6-phosphogluconate dehydrogenase,decarboxylating Gnd2


分子量: 36400.074 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: gnd2, Rv1122 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O06574

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG5000 0.2M ammonium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 37669 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.972 / Num. unique obs: 1839

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→26.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 19.483 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30746 1842 4.9 %RANDOM
Rwork0.21623 ---
obs0.2206 35694 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 73.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.74→26.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9862 0 0 0 9862
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01310057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6581.63813628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2181.58121762
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7951304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41320.721541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.377151592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5171596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022329
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3757.6785240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.3757.6775239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.36211.496536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.36211.496537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6698.0754817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6688.0754818
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.3711.9517093
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.31289.52211242
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.31189.51911243
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 122 -
Rwork0.329 2430 -
obs--92.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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