PDB-8ih7: AmnG-AmnH complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ih7

タイトル

AmnG-AmnH complex

要素

4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
Acetaldehyde dehydrogenase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / meta-cleavage pathway for 2-aminophenol catabolism. Aldolase for 4-hydroxy-2-oxovalerate. Acetaldehyde dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase activity / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) / acetaldehyde dehydrogenase (acetylating) activity / catabolic process / NAD binding / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Su, D. / Shi, Q.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: AmnG-AmnH complex
著者: Su, D. / Shi, Q.L.

履歴

登録	2023年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ih7.cif.gz	494.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ih7.ent.gz	407 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ih7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ih7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/8ih7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase

B: Acetaldehyde dehydrogenase

C: 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase

D: Acetaldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

145 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.029, 252.288, 60.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase / HOA / 4-hydroxy-2-keto-pentanoic acid aldolase / 4-hydroxy-2-oxopentanoate aldolase 分子量: 38551.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: amnG / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KWS0, 4-hydroxy-2-oxovalerate aldolase
#2: タンパク質	Acetaldehyde dehydrogenase / Acetaldehyde dehydrogenase [acetylating] 分子量: 33615.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: amnH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KWS1, acetaldehyde dehydrogenase (acetylating)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-OXL / OXALATE ION / しゅう酸ジアニオン分子量: 88.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 0.2M magnesium chloride hexahydrate,0.2 M Tris 8.5,20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→63.07 Å / Num. obs: 52921 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 2.48→2.55 Å / Num. unique obs: 52921 / CC_1/2: 0.911

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.48→20.11 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2227	1996	3.79 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.1749	52734	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→20.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9743	0	14	300	10057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.136	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	1551
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.54	0.2999	138	0.2522	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.2753	153	0.2304	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.69	0.2872	130	0.2294	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.77	0.3204	153	0.2295	3652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.87	0.3039	137	0.2196	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.99	0.31	143	0.2165	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.12	0.2783	136	0.2215	3625	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.29	0.2854	146	0.2137	3606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.49	0.2307	148	0.1999	3631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.76	0.2255	140	0.1757	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.14	0.2047	138	0.1537	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.73	0.1853	146	0.1294	3622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.73-5.93	0.1695	146	0.136	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
5.93-20.11	0.1529	142	0.1301	3666	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1247	0.0952	-0.3297	0.6763	-0.3033	0.5163	-0.0489	-0.0573	0.0593	0.2195	0.0707	0.026	-0.0944	-0.0064	-0	0.3956	0.0392	-0.0558	0.4627	-0.098	0.4013	15.3884	97.7951	61.8465
2	0.0832	0.136	0.0708	0.1563	-0.002	0.138	-0.1883	-0.2958	-0.0245	0.2392	0.1702	-0.0538	0.2287	0.1133	0.0002	0.3932	0.0121	-0.0393	0.5326	-0.0204	0.2908	10.5632	87.6441	65.0171
3	0.3837	-0.0149	-0.0599	1.0947	-0.1832	0.1857	-0.0432	0.0185	0.0681	-0.1301	0.0212	-0.0049	-0.0024	-0.031	-0	0.3134	0.0045	-0.0292	0.396	-0.0715	0.3977	12.8196	96.4671	48.0452
4	-0.0082	0.026	0.1017	0.006	0.1084	0.2744	-0.018	-0.1592	0.2149	-0.3708	0.1388	-0.0203	0.215	0.0652	0.0002	0.5444	0.01	0.0573	0.4868	-0.0309	0.333	20.4141	47.7158	38.1891
5	0.1612	0.0494	0.1899	0.1323	0.1704	0.2094	-0.0208	0.3845	-0.4201	-0.2379	0.0434	0.6027	0.3868	-0.6846	-0.0001	0.6101	-0.1056	-0.0529	0.6637	-0.0593	0.4377	5.8351	48.8107	39.3758
6	0.1716	-0.009	-0.1273	0.3569	0.093	0.3994	0.0124	-0.0843	0.0467	0.2406	-0.096	-0.2826	0.2616	0.0392	-0	0.4673	-0.0126	0.0164	0.3908	0.0238	0.3125	18.4597	52.3954	53.7969
7	0.2288	-0.2224	0.0325	1.3227	0.184	0.6871	-0.0045	-0.1651	-0.0188	-0.0297	-0.0389	-0.1114	0.0725	-0.075	0	0.3616	-0.0002	-0.024	0.442	0.0293	0.3565	26.1631	73.5954	51.9083
8	0.019	0.0476	0.05	0.0433	0.011	0.0281	-0.1807	0.3844	-0.4796	-0.0558	0.2828	-0.6551	0.3324	0.516	-0.0006	0.3965	0.028	0.0649	0.5022	-0.019	0.6181	40.0901	66.9765	45.7295
9	0.4971	-0.0872	0.1698	0.6259	-0.0265	0.0305	-0.0504	0.0193	0.0107	-0.192	0.079	-0.3872	0.0355	0.0536	-0	0.3703	-0.0097	0.0066	0.4334	-0.0095	0.3932	32.7665	77.568	48.2349
10	0.0931	0.0359	-0.0084	0.1143	0.1164	0.0603	-0.1683	0.1105	-0.1383	-0.2426	0.0411	-0.0167	0.1779	-0.0924	-0.0001	0.5021	0.0363	0.0395	0.4501	-0.0092	0.44	24.8897	53.107	46.5222
11	0.1596	-0.153	0.1588	0.5178	-0.4829	0.2276	-0.0621	0.1332	0.1484	-0.3102	0.0563	-0.3648	-0.0544	0.0528	-0	0.4739	-0.0325	0.069	0.4735	-0.1087	0.6343	25.7173	125.4257	32.706
12	0.2307	-0.1764	0.1671	1.5472	0.0187	0.2072	-0.0187	0.0234	0.0269	-0.1559	0.0965	-0.14	-0.0553	0.0093	0	0.423	-0.0294	0.0095	0.394	-0.0984	0.4779	14.1458	125.6875	37.8863
13	1.1013	0.0218	-0.5106	0.8919	-0.1726	1.113	-0.1771	0.2062	-0.1404	-0.0826	0.2822	0.0683	0.2311	-0.4796	-0.0001	0.5368	-0.0521	0.0403	0.571	0.0072	0.3423	1.475	170.0716	37.5897
14	-0.1817	-0.7599	0.044	1.9844	-0.1298	0.6265	-0.0152	0.0122	0.1779	0.1095	0.1414	-0.422	-0.0705	-0.0481	0.0049	0.4947	-0.0206	0.0084	0.4586	-0.1508	0.649	19.0188	153.5891	47.8949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 79 through 107 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 108 through 338 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid -2 through 37 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 67 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 68 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 131 through 219 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 220 through 237 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 238 through 288 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 289 through 314 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 0 through 78 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 79 through 338 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid -1 through 112 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 113 through 309 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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