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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8igz | ||||||
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タイトル | Xcc NAMPT Quadruple mutant | ||||||
要素 | Pre-B cell enhancing factor related protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Xcc NAMPT Mutant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004 (カンキツかいよう病) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, G.L. / Ming, Z.H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Structural insights into Xanthomonas campestris pv. campestris NAD + biosynthesis via the NAM salvage pathway. 著者: Xu, G. / Ma, J. / Fang, Q. / Peng, Q. / Jiao, X. / Hu, W. / Zhao, Q. / Kong, Y. / Liu, F. / Shi, X. / Tang, D.J. / Tang, J.L. / Ming, Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8igz.cif.gz | 338 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8igz.ent.gz | 274.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8igz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/8igz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/8igz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53338.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004 (カンキツかいよう病) 遺伝子: XC_0719 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2X5R2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.3 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.96 M ammonium tartrate, 0.4 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium acetate trihydrate), N, N-Bis(3-D-gluconamidopropyl) cholamide and N,N-Dimethyldecylamine-N-oxide. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月3日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.11→35.72 Å / Num. obs: 23619 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.59 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 3.11→3.22 Å / Num. unique obs: 23618 / CC1/2: 0.995 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→35.718 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.11→35.718 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.1625 Å / Origin y: 52.2415 Å / Origin z: 3.9496 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |