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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8igw | |||||||||||||||
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タイトル | Hexameric Ring Complex of Engineered V1-ATPase bound to 4 ADPs: A3(De)3_(ADP)3cat,1non-cat, Hexameric Ring Complex of Engineered V1-ATPase bound to 5 ADPs: A3(De)3_(ADP)3cat,2non-cat | |||||||||||||||
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![]() | MOTOR PROTEIN / Computational Design / Rotary Molecular Motor / Complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kosugi, T. / Tanabe, M. / Koga, N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design of allosteric sites into rotary motor V 1 -ATPase by restoring lost function of pseudo-active sites. 著者: Kosugi, T. / Iida, T. / Tanabe, M. / Iino, R. / Koga, N. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 206.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 274.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iguC ![]() 8igvC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66059.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 51017.219 Da / 分子数: 6 Mutation: S151G, G152P, S153P, L155A, P156G, G157K, K158S, E159A, T248E, Q339S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.5), 20% PEG 3350, 0.2M Ammonium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.2→48.92 Å / Num. obs: 58670 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 116.21 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rpim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 4.2→4.32 Å / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4576 / CC1/2: 0.764 / Rpim(I) all: 0.423 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 153.47 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.2→48.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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