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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8igv | |||||||||||||||
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タイトル | Hexameric Ring Complex of Engineered V1-ATPase bound to 5 ADPs: A3(De)3_(ADP-Pi)1cat(ADP)2cat,2non-cat | |||||||||||||||
![]() | (V-type sodium ATPase ...) x 2 | |||||||||||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / Computational Design / Rotary Molecular Motor / Complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism ...Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / vacuolar acidification / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / lysosomal membrane / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kosugi, T. / Tanabe, M. / Koga, N. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design of allosteric sites into rotary motor V 1 -ATPase by restoring lost function of pseudo-active sites. 著者: Kosugi, T. / Iida, T. / Tanabe, M. / Iino, R. / Koga, N. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 638.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 110.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 147.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8iguC ![]() 8igwC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-V-type sodium ATPase ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 66059.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 51017.219 Da / 分子数: 3 Mutation: S151G, G152P, S153P, L155A, P156G, G157K, K158S, E159A, T248E, Q339S 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 128分子 ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 24% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.15→48.38 Å / Num. obs: 63835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.73 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 3.15→3.23 Å / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.15→48.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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