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- PDB-8igv: Hexameric Ring Complex of Engineered V1-ATPase bound to 5 ADPs: A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8igv
タイトルHexameric Ring Complex of Engineered V1-ATPase bound to 5 ADPs: A3(De)3_(ADP-Pi)1cat(ADP)2cat,2non-cat
要素(V-type sodium ATPase ...) x 2
キーワードMOTOR PROTEIN / Computational Design / Rotary Molecular Motor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Na+-transporting two-sector ATPase / sodium-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / sodium ion transport / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase complex / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding
類似検索 - 分子機能
V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain ...V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit barrel-sandwich domain / : / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / V-type sodium ATPase catalytic subunit A / V-type sodium ATPase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Kosugi, T. / Tanabe, M. / Koga, N.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05420 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR13AD 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR20E6 日本
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Design of allosteric sites into rotary motor V 1 -ATPase by restoring lost function of pseudo-active sites.
著者: Kosugi, T. / Iida, T. / Tanabe, M. / Iino, R. / Koga, N.
履歴
登録2023年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2023年7月12日ID: 7COR
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
B: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
C: V-type sodium ATPase catalytic subunit A
D: V-type sodium ATPase subunit B
E: V-type sodium ATPase subunit B
F: V-type sodium ATPase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,58317
ポリマ－351,2306
非ポリマー2,35311
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25630 Å2
ΔGint-156 kcal/mol
Surface area113610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.667, 126.736, 123.649
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.934, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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V-type sodium ATPase ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 V-type sodium ATPase catalytic subunit A / Na(+)-translocating ATPase subunit A / V-type sodium pump catalytic subunit A


分子量: 66059.547 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpA, EHR_08260 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08636, Na+-transporting two-sector ATPase
#2: タンパク質 V-type sodium ATPase subunit B / Na(+)-translocating ATPase subunit B / V-type sodium pump subunit B


分子量: 51017.219 Da / 分子数: 3
Mutation: S151G, G152P, S153P, L155A, P156G, G157K, K158S, E159A, T248E, Q339S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus hirae ATCC 9790 (バクテリア)
株: ATCC 9790 / 遺伝子: ntpB, EHR_08265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08637

-
非ポリマー , 4種, 128分子

#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 24% PEG 3350, 0.2 M Ammonium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→48.38 Å / Num. obs: 63835 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 55.73 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Rmerge(I) obs: 1.11 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.569 / Rpim(I) all: 0.49

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→48.38 Å / SU ML: 0.3815 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0638
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 3152 4.94 %
Rwork0.2113 60647 -
obs0.214 63799 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→48.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23997 0 145 117 24259
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004924562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.939233238
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00574334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.20469322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.20.3151540.27772586X-RAY DIFFRACTION100
3.2-3.250.34191590.28012597X-RAY DIFFRACTION99.96
3.25-3.30.32981260.27582642X-RAY DIFFRACTION99.96
3.3-3.360.34031680.26262610X-RAY DIFFRACTION99.96
3.36-3.420.3351510.25692609X-RAY DIFFRACTION99.93
3.42-3.480.31021480.24832603X-RAY DIFFRACTION99.96
3.48-3.550.30121560.23972589X-RAY DIFFRACTION99.96
3.55-3.630.28521270.23232674X-RAY DIFFRACTION99.96
3.63-3.720.26151400.22362607X-RAY DIFFRACTION99.93
3.72-3.810.24861150.21562635X-RAY DIFFRACTION100
3.81-3.910.27721060.21182653X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.030.30631450.22122626X-RAY DIFFRACTION100
4.03-4.160.31311440.22772623X-RAY DIFFRACTION100
4.16-4.310.23831570.19362606X-RAY DIFFRACTION100
4.31-4.480.21591340.17822650X-RAY DIFFRACTION100
4.48-4.680.21121270.17122654X-RAY DIFFRACTION100
4.68-4.930.26421260.17312643X-RAY DIFFRACTION100
4.93-5.240.23391470.19632647X-RAY DIFFRACTION100
5.24-5.640.25231380.20682634X-RAY DIFFRACTION100
5.64-6.210.23881490.2182629X-RAY DIFFRACTION100
6.21-7.10.30091050.20782697X-RAY DIFFRACTION100
7.1-8.940.24121150.18222693X-RAY DIFFRACTION100
8.94-48.380.21241150.18922740X-RAY DIFFRACTION99.69

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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