[日本語] English
万見
- PDB-8if5: AFB1-AF26 APTAMER COMPLEX -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8if5
タイトルAFB1-AF26 APTAMER COMPLEX
要素AFB1 DNA aptamer (26-MER)
キーワードDNA / DNA aptamer / Aflatoxin B1 (AFB1) / Stem-loop
機能・相同性AFLATOXIN B1 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing / torsion angle dynamics
データ登録者Xu, G.H. / Wang, C. / Li, C.G.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21925406 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21874149 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structural basis for high-affinity recognition of aflatoxin B1 by a DNA aptamer.
著者: Xu, G. / Wang, C. / Yu, H. / Li, Y. / Zhao, Q. / Zhou, X. / Li, C. / Liu, M.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AFB1 DNA aptamer (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2552
ポリマ－7,9431
非ポリマー3121
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖 AFB1 DNA aptamer (26-MER)


分子量: 7943.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-AFT / AFLATOXIN B1 / アフラトキシンB1


分子量: 312.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 毒素*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D DQF-COSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D 1H-1H TOCSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic12D 31P-1H COSY
163isotropic32D 1H-13C JRHMBC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM AFB1 DNA aptamer (26-MER), 2 mM AFB1, 10 mM D TRIS-D11, 50 mM sodium chloride, 50 mM MgCL2, 100% D2O1 mM AF26 with 2 equivalents of AFB1 in 10 mM Tris-D11, 50 mM NaCl, and 50 mM MgCl2 (pH 7.5)1H100% D2O
solution21 mM AFB1 DNA aptamer (26-MER), 2 mM AFB1, 10 mM D TRIS-D11, 50 mM sodium chloride, 50 mM MgCL2, 90% H2O/10% D2O1 mM AF26 with 2 equivalents of AFB1 in 10 mM Tris-D11, 50 mM NaCl, and 50 mM MgCl2 (pH 7.5)1H90% H2O/10% D2O
solution33 mM AFB1 DNA aptamer (26-MER), 6 mM AFB1, 10 mM D TRIS-D11, 50 mM sodium chloride, 50 mM MgCL2, 90% H2O/10% D2O3 mM AF26 with 2 equivalents of AFB1 in 10 mM Tris-D11, 50 mM NaCl, and 50 mM MgCl2 (pH 7.5)1H90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMAFB1 DNA aptamer (26-MER)natural abundance1
2 mMAFB1natural abundance1
10 mMTRIS-D11D1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
50 mMMgCL2natural abundance1
1 mMAFB1 DNA aptamer (26-MER)natural abundance2
2 mMAFB1natural abundance2
10 mMTRIS-D11D2
50 mMsodium chloridenatural abundance2
50 mMMgCL2natural abundance2
3 mMAFB1 DNA aptamer (26-MER)natural abundance3
6 mMAFB1natural abundance3
10 mMTRIS-D11D3
50 mMsodium chloridenatural abundance3
50 mMMgCL2natural abundance3
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: 1 / pH: 7.5 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K / Temperature err: 1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing2
torsion angle dynamics1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る