PDB-8if0: NmeHNH-AcrIIC1 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8if0

タイトル

NmeHNH-AcrIIC1 complex

要素

Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)
CRISPR-associated endonuclease Cas9

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Zhu, Y.L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inhibition Mechanism of CRISPR-Cas9 by Anti-CRISPR Protein AcrIIC1
著者: Zhu, Y.L.

履歴

登録	2023年2月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8if0.cif.gz	119.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8if0.ent.gz	87.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8if0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8if0_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8if0_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	8if0_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	8if0_validation.cif.gz	17 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8if0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/if/8if0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (5)

登録構造単位

X: CRISPR-associated endonuclease Cas9

Y: Anti-CRISPR protein (AcrIIC1)

28.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.061, 60.742, 46.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.250, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-717- HOH

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas9 分子量: 19160.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 遺伝子: cas9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EPV9
#2: タンパク質	Anti-CRISPR protein (AcrIIC1) 分子量: 9637.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCG3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M MES, pH 6.2, 26% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 34393 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 25.3
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / R_merge(I) obs: 0.092 / Num. unique obs: 34393

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.57→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	-	-
R_work	0.193	-	-
obs	-	34393	99.7 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1947	0	0	140	2087

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2010
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7381	2694
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0472	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	353
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.9538	784

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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