PDB-8ie4: Crystal structure of GcCGT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ie4

タイトル

Crystal structure of GcCGT

要素

GcCGT

キーワード

TRANSFERASE / Glycosyltransferases

生物種

Gentiana crassicaulis (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, M. / Bao, Y. / He, C. / Ye, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of GcCGT
著者: Zhang, M. / Bao, Y. / He, C. / Ye, M.

履歴

登録	2023年2月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ie4.cif.gz	706.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ie4.ent.gz	589.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ie4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ie4_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ie4_full_validation.pdf.gz	502 KB	表示
XML形式データ	8ie4_validation.xml.gz	65.4 KB	表示
CIF形式データ	8ie4_validation.cif.gz	92 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/8ie4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/8ie4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8w7yC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GcCGT

B: GcCGT

C: GcCGT

D: GcCGT

ヘテロ分子

217 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GcCGT

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GcCGT

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GcCGT

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: GcCGT

登録者が定義した集合体
54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.180, 95.930, 132.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GcCGT 分子量: 54202.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gentiana crassicaulis (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.38 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, 0.2 M Li2SO4, pH 6.25, 25% w/v PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→39.5 Å / Num. obs: 112015 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.122 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 548820
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / Num. measured all: 28344 / Num. unique obs: 5544 / CC_1/2: 0.869 / R_pim(I) all: 0.398 / R_rim(I) all: 0.913 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
PHENIX	1.20.1	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.1→39.5 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2498	5770	5.16 %
R_work	0.2016	-	-
obs	0.2041	111754	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13995	0	12	524	14531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	14371
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.843	19537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.342	5291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2521

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.12	0.3562	210	0.326	3478	X-RAY DIFFRACTION	99
2.12-2.15	0.3655	189	0.3207	3542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.18	0.3362	198	0.3055	3486	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.2	0.3559	209	0.3021	3525	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2-2.23	0.3807	195	0.2947	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.26	0.3445	202	0.2832	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.29	0.3596	158	0.2727	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.33	0.3109	196	0.265	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.37	0.3419	171	0.2533	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.4	0.295	170	0.2539	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.45	0.3161	184	0.261	3487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.3052	201	0.2495	3536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.54	0.289	180	0.2275	3546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.2847	220	0.238	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.65	0.2948	210	0.2359	3497	X-RAY DIFFRACTION	99
2.65-2.71	0.2819	190	0.2357	3497	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2885	201	0.2369	3519	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.85	0.296	212	0.238	3518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-2.93	0.2926	169	0.2286	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.03	0.3017	201	0.2202	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.14	0.276	199	0.2167	3520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.26	0.2901	180	0.2161	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.41	0.2755	171	0.2073	3564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.59	0.2479	192	0.1935	3542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.59-3.81	0.2292	184	0.1848	3556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-4.11	0.2333	200	0.168	3522	X-RAY DIFFRACTION	99
4.11-4.52	0.1814	193	0.1536	3544	X-RAY DIFFRACTION	99
4.52-5.18	0.1847	175	0.1516	3571	X-RAY DIFFRACTION	99
5.18-6.52	0.2239	208	0.1819	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
6.52-39.5	0.1729	202	0.1559	3625	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8188	0.3084	0.8075	0.7452	0.0745	1.3223	0.0206	-0.0372	0.0102	0.0771	-0.0186	0.0164	-0.1518	-0.0175	-0.017	0.3945	-0.0013	-0.0595	0.2168	0.0164	0.2198	35.2476	0.3038	11.962
2	2.2948	0.0422	0.7675	0.6079	0.0866	0.8988	-0.2607	0.2932	0.3008	-0.0923	0.0571	0.1039	-0.2486	0.1051	0.1327	0.4959	0.0683	-0.1561	0.3783	0.0169	0.3652	8.1976	2.2869	-19.9546
3	0.9618	0.1927	0.6207	0.7718	0.4676	3.1965	-0.0709	-0.1823	0.0156	-0.0115	0.0229	0.0589	-0.1811	-0.1954	0.0596	0.3898	0.0002	-0.0776	0.5864	0.0945	0.3156	-11.2722	5.3869	49.5877
4	2.1357	0.0113	0.7506	0.8621	0.3654	2.3636	-0.2302	-0.3238	0.0352	-0.1578	0.1045	0.3371	-0.148	-0.2318	0.1156	0.4596	-0.0069	-0.1888	0.4614	0.0553	0.5267	26.9889	-41.4851	53.2794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 7 through 476)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 7 through 476)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 7 through 476)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 7 through 476)

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関連情報:EMDBヘッダ

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