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- PDB-8idu: Crystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydrat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8idu
タイトルCrystal structure of substrate bound-form dehydroquinate dehydratase from Corynebacterium glutamicum
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / Amino-acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3,4-TRIHYDROXY-5-OXO-CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, C.H. / Kim, S. / Kim, K.-J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Microbiol Biotechnol. / 年: 2023
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of 3-Dehydroquinate Dehydratase from Corynebacterium glutamicum .
著者: Lee, C.H. / Kim, S. / Seo, H. / Kim, K.J.
履歴
登録2023年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,55630
ポリマ－98,7226
非ポリマー2,83424
水15,187843
1
A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子

A: 3-dehydroquinate dehydratase
B: 3-dehydroquinate dehydratase
C: 3-dehydroquinate dehydratase
D: 3-dehydroquinate dehydratase
E: 3-dehydroquinate dehydratase
F: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,11260
ポリマ－197,44312
非ポリマー5,66948
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area38660 Å2
ΔGint-353 kcal/mol
Surface area55710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.641, 165.275, 106.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-386-

HOH

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要素

#1: タンパク質
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase


分子量: 16453.623 Da / 分子数: 6 / 変異: R19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
遺伝子: aroQ, aroD, Cgl0423, cg0503 / プラスミド: pET30
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: O52377, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-DQA / 1,3,4-TRIHYDROXY-5-OXO-CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 3-DEHYDROQUINIC ACID / 3-デヒドロキナ酸


分子量: 190.151 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: C7H10O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.36 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: Lithium sulfate, Ammonium sulfate, Sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 83591 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Χ2: 0.062 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.034.20.32483861.906197.2
2.03-2.074.30.30384522.063197.5
2.07-2.114.30.27384262.075197.6
2.11-2.154.40.24684282.122197.6
2.15-2.24.40.22384412.294197.8
2.2-2.254.40.21284622.303197.9
2.25-2.314.40.19885062.247197.7
2.31-2.374.50.19484712.364198.4
2.37-2.444.50.18384842.427198.5
2.44-2.524.60.16685072.626198.3
2.52-2.614.70.15585792.756198.8
2.61-2.714.80.14685362.941198.8
2.71-2.844.90.13285693.221199.1
2.84-2.9950.12785454.02199
2.99-3.1750.11686174.809199.3
3.17-3.425.10.10286205.43199.4
3.42-3.765.10.09585856.781199.4
3.76-4.315.10.08785397.287198.9
4.31-5.4350.08186016.513199.6
5.43-504.80.08585816.922198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACv5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→30.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.25 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1692 4516 5.1 %RANDOM
Rwork0.14195 ---
obs0.14336 83591 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.103 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å2-0 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→30.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6389 0 177 843 7409
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0136815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0166482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7011.6269261
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.451.57214950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4875866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.33223.922306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.608151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7641524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7531.4513494
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7521.4493493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7392.1374350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7382.144351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2171.9633321
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9961.9043286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5792.6714858
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.56319.7547548
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.20718.8847320
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 318 -
Rwork0.166 5943 -
obs--95.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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