PDB-8ids: Crystal structure of Bacillus sp. AHU2216 GH13_31 Alpha-glucosida...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ids

タイトル

Crystal structure of Bacillus sp. AHU2216 GH13_31 Alpha-glucosidase E256Q/N258P in complex with maltotriose

要素

Alpha-glucosidase

キーワード

HYDROLASE / alpha-glucosidase / GH13_31 / alpha-amylase / maltotriose

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-amylase activity / oligosaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Auiewiriyanukul, W. / Saburi, W. / Yu, J. / Kato, K. / Yao, M. / Mori, H.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2023
タイトル: Alteration of Substrate Specificity and Transglucosylation Activity of GH13_31 alpha-Glucosidase from Bacillus sp. AHU2216 through Site-Directed Mutagenesis of Asn258 on beta → alpha Loop 5.
著者: Auiewiriyanukul, W. / Saburi, W. / Ota, T. / Yu, J. / Kato, K. / Yao, M. / Mori, H.

履歴

登録	2023年2月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ids.cif.gz	141 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ids.ent.gz	105.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ids.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8ids ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/8ids	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ibkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (4) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Alpha-glucosidase

ヘテロ分子

66.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.517, 89.202, 128.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Alpha-glucosidase

分子量: 65982.625 Da / 分子数: 1 / 変異: E256Q,N258P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus sp. (in: firmicutes) (バクテリア)
遺伝子: BspAG13A / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z5WH92

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 mM maltotetraose, 0.2 M calcium chloride, and 20% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 104555 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 19.71
反射シェル	解像度: 1.5→1.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique obs: 16645 / CC_1/2: 0.851 / R_rim(I) all: 0.835 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→47.74 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	5229	5 %
R_work	0.1645	-	-
obs	0.1656	104545	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4472	0	36	545	5053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.406
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.038	611
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.115	651
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2509	169	0.2117	3215	X-RAY DIFFRACTION	98
1.52-1.53	0.2578	173	0.1963	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
1.53-1.55	0.222	172	0.1897	3262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.55-1.57	0.221	172	0.183	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.57-1.59	0.1795	173	0.1679	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
1.59-1.61	0.2032	173	0.1703	3288	X-RAY DIFFRACTION	100
1.61-1.64	0.2156	170	0.1765	3229	X-RAY DIFFRACTION	100
1.64-1.66	0.1929	175	0.1832	3324	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.69	0.1994	172	0.1829	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.69-1.72	0.2473	171	0.1969	3315	X-RAY DIFFRACTION	100
1.72-1.75	0.2347	176	0.2136	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.78	0.2434	174	0.2007	3277	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.81	0.218	166	0.1756	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.81-1.85	0.1953	189	0.1621	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.89	0.1774	174	0.1618	3332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.93	0.1877	169	0.155	3255	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-1.98	0.1821	166	0.1574	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.03	0.1903	175	0.1654	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.09	0.1846	184	0.1612	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.16	0.1774	184	0.166	3282	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.24	0.1987	158	0.1617	3329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.33	0.1725	168	0.1609	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.43	0.2057	175	0.1584	3339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.56	0.1703	171	0.1671	3349	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.72	0.1952	193	0.1671	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.93	0.1952	166	0.1719	3369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-3.23	0.1997	177	0.1649	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
3.23-3.7	0.1498	179	0.1564	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-4.66	0.133	179	0.1345	3419	X-RAY DIFFRACTION	100
4.66-47.74	0.2035	186	0.1698	3574	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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