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万見
- PDB-8idf: Crystal structure of human TUT1 complexed with U6 snRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8idf
タイトルCrystal structure of human TUT1 complexed with U6 snRNA
要素
  • RNA (53-MER)
  • Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
キーワードTRANSFERASE/RNA / nucleotidyl transferase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase / regulation of RNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / snRNA processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity ...U6 snRNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase / regulation of RNA metabolic process / co-transcriptional mRNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / snRNA processing / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA 3'-end processing / enzyme-substrate adaptor activity / U6 snRNA binding / mRNA 3'-UTR binding / nuclear speck / nucleolus / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Star-PAP, RNA recognition motif / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Zinc-finger of C2H2 type / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif ...Star-PAP, RNA recognition motif / PAP/25A-associated / Cid1 family poly A polymerase / : / Poly(A) RNA polymerase, mitochondrial-like, central palm domain / Zinc-finger of C2H2 type / Nucleotidyltransferase superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yamashita, S. / Tomita, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K16053 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of U6 snRNA oligouridylation by human TUT1.
著者: Yamashita, S. / Tomita, K.
履歴
登録2023年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase
B: RNA (53-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5173
ポリマ－75,4512
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.724, 78.724, 370.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Speckle targeted PIP5K1A-regulated poly(A) polymerase / Star-PAP / RNA-binding motif protein 21 / RNA-binding protein 21 / U6 snRNA-specific terminal ...Star-PAP / RNA-binding motif protein 21 / RNA-binding protein 21 / U6 snRNA-specific terminal uridylyltransferase 1 / U6-TUTase


分子量: 58441.289 Da / 分子数: 1
変異: deletion 235-304, C19S,C372A,C415A,C501A,C504S,C399A,C574A,D218A
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUT1, RBM21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9H6E5, polynucleotide adenylyltransferase, RNA uridylyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (53-MER)


分子量: 17010.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100mM BisTris pH 6.4, 18% PEG 3350, 2% Tacsimate pH 6.0, 8% Acetonitrile

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.27 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.27 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.7→19.99 Å / Num. obs: 13674 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 42.175 % / Biso Wilson estimate: 110.219 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.532 / Rrim(I) all: 0.538 / Χ2: 0.648 / Net I/σ(I): 8.99 / Num. measured all: 576696 / Scaling rejects: 121
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.7-3.7942.8214.4011.484175010489750.7534.45393
3.79-3.942.9133.4451.98420559809800.8383.486100
3.9-4.0142.1742.8662.66404879609600.9152.9100
4.01-4.1341.0192.093.55387639469450.9512.11699.9
4.13-4.2738.7371.9233.7342828858850.9551.948100
4.27-4.4241.231.5044.69365308868860.9911.523100
4.42-4.5944.3151.3215.47375798488480.991.336100
4.59-4.7744.3011.0527.29353087977970.9931.064100
4.77-4.9943.641.0886.92348687997990.9841.101100
4.99-5.2343.460.9567.92329437587580.9860.967100
5.23-5.5142.7110.8618.13295136926910.990.87199.9
5.51-5.8541.8820.8738.1276006596590.980.883100
5.85-6.2538.8310.6949.52250076446440.9880.703100
6.25-6.7541.4540.51412.1243755885880.9940.521100
6.75-7.3945.1420.38815.63241515355350.9970.393100
7.39-8.2744.2490.21923.02215054864860.9970.222100
8.27-9.5542.8910.13830.56189154414410.9980.14100
9.55-11.6939.9340.11632.98144963633630.9990.118100
11.69-16.5339.3060.09734.06111632852840.9990.09899.6
16.53-19.9936.040.09935.9154061571500.9970.10195.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5wu1

5wu1


解像度: 3.7→19.99 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3386 680 5.01 %
Rwork0.3047 12892 -
obs0.3063 13572 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 925.09 Å2 / Biso mean: 209.2323 Å2 / Biso min: 39.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.7→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3529 1128 1 0 4658
Biso mean--170.1 --
残基数----512
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.7-3.980.37621350.37862538267397
3.98-4.380.37031390.334226002739100
4.38-50.43911390.323725612700100
5-6.270.34341380.354225782716100
6.27-19.990.26791290.242926152744100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2787-1.10892.73944.8315-4.05814.66341.3983-0.3102-2.12191.74371.43081.9191-0.0576-1.3549-1.91891.3396-0.3269-0.18881.97830.5691.462139.536-1.012-22.34
26.90050.1407-2.55614.16293.15387.54520.74660.5340.70340.80080.88660.1148-1.8666-1.0647-0.7290.7295-0.2370.02651.34610.41631.23125.39611.673-47.643
31.912-1.6315-0.18874.0051-5.320210.04880.5641-0.5621-0.1430.6492-0.25080.07232.47190.8439-0.19141.25530.16220.17050.4893-0.05410.64486.618-19.144-18.812
46.73134.16382.35074.37-0.03413.51340.5096-1.04351.22571.8857-1.2833-2.7152-1.5426-0.2580.36241.2250.0580.30842.29820.0371.244723.5615.596-38.575
55.98753.75745.49221.63442.99243.97540.4364-2.6664-2.08530.99520.9828-2.11510.0953-0.7619-2.22674.19610.5416-1.24313.2333-0.02623.262242.479-15.618-7.872
60.5601-0.2327-1.17020.09630.48152.4559-0.29890.67922.1781.3253-1.5344-5.4558-0.10780.61930.60534.91850.8329-0.061-0.12680.66212.270612.149-19.402-26.178
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 7:56 OR RESID 1001:1001 ) )A7 - 56
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 7:56 OR RESID 1001:1001 ) )A1001
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 57:134 )A57 - 134
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 145:599 )A145 - 599
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 1:9 )B1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 10:51 )B10 - 51
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 52:53 )B52 - 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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