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万見
- PDB-8ic9: Lys48-linked K48C-diubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ic9
タイトルLys48-linked K48C-diubiquitin
要素
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBIQUITIN / ISOPEPTIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis ...hypothalamus gonadotrophin-releasing hormone neuron development / female meiosis I / positive regulation of protein monoubiquitination / fat pad development / mitochondrion transport along microtubule / female gonad development / seminiferous tubule development / male meiosis I / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / energy homeostasis / regulation of neuron apoptotic process / regulation of proteasomal protein catabolic process / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / p75NTR recruits signalling complexes / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NF-kB is activated and signals survival / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Pexophagy / NRIF signals cell death from the nucleus / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Regulation of BACH1 activity / neuron projection morphogenesis / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / regulation of mitochondrial membrane potential / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by REV1 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of protein ubiquitination / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Degradation of DVL / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Negative regulation of FGFR3 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Regulation of TNFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain ...Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Hiranyakorn, M. / Yagi-Utsumi, M. / Yanaka, S. / Ohtsuka, N. / Momiyama, N. / Satoh, T. / Kato, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP18H05229 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR22AC 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Mutational and Environmental Effects on the Dynamic Conformational Distributions of Lys48-Linked Ubiquitin Chains.
著者: Hiranyakorn, M. / Yagi-Utsumi, M. / Yanaka, S. / Ohtsuka, N. / Momiyama, N. / Satoh, T. / Kato, K.
履歴
登録2023年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyubiquitin-B
B: Ubiquitin
C: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2554
ポリマ－34,2554
非ポリマー00
水3,135174
1
A: Polyubiquitin-B
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1282
ポリマ－17,1282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area7750 Å2
手法PISA
2
C: Polyubiquitin-B
D: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1282
ポリマ－17,1282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1530 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.790, 31.191, 25.272
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.929, 88.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8550.794 Da / 分子数: 2 / 変異: K48C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: PT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CG47
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / プラスミド: pT7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 38% 2-methyl-2,4-pentanediol and 50 mM sodium citrate (pH 4.0)
PH範囲: 4.0-4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→19.641 Å / Num. obs: 66682 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 11849 / CC1/2: 0.911 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→19.641 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / WRfactor Rfree: 0.267 / WRfactor Rwork: 0.222 / SU B: 2.28 / SU ML: 0.041 / Average fsc free: 0.9412 / Average fsc work: 0.9488 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.057 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2188 3360 5.039 %
Rwork0.1861 63320 -
all0.188 --
obs-66680 95.071 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 22.291 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.427 Å20.758 Å2-0.568 Å2
2--1.236 Å20.399 Å2
3---0.491 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→19.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 0 174 2574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0132440
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.6573282
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3961.5915710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1755304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01923.548124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33615498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0181516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2357
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.22266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.160.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0380.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2330.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2170.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1870.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8361.9631216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8241.9571214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.6072.931514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5912.931514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9582.4661224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9592.4661224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6313.4791766
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6293.4791766
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.08723.3412465
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.08823.3352463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.19634908
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.2820.3722880.3924487X-RAY DIFFRACTION93.2253
1.282-1.3170.3572500.3574478X-RAY DIFFRACTION93.1259
1.317-1.3550.3432470.3444357X-RAY DIFFRACTION93.806
1.355-1.3970.3862160.3144230X-RAY DIFFRACTION94.1351
1.397-1.4420.3122120.3044110X-RAY DIFFRACTION93.7527
1.442-1.4930.2831970.2624104X-RAY DIFFRACTION94.6106
1.493-1.5490.2751680.2213864X-RAY DIFFRACTION94.4262
1.549-1.6120.2441970.2123734X-RAY DIFFRACTION94.4498
1.612-1.6830.2441960.1963614X-RAY DIFFRACTION95.3931
1.683-1.7640.2321990.1623382X-RAY DIFFRACTION95.1887
1.764-1.8590.2161990.1543276X-RAY DIFFRACTION96.1007
1.859-1.9710.241620.1263169X-RAY DIFFRACTION96.4948
1.971-2.1050.1711370.1393006X-RAY DIFFRACTION96.8269
2.105-2.2720.1751450.1422722X-RAY DIFFRACTION96.8581
2.272-2.4860.1941460.1482553X-RAY DIFFRACTION97.2613
2.486-2.7740.2231120.1612312X-RAY DIFFRACTION97.2713
2.774-3.1920.228940.1562064X-RAY DIFFRACTION97.4266
3.192-3.8850.175920.1721727X-RAY DIFFRACTION97.4812
3.885-5.3940.167370.1671397X-RAY DIFFRACTION97.551
5.394-19.6410.172660.258734X-RAY DIFFRACTION93.5673

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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