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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ibl | ||||||
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タイトル | MES bound form of PET-degrading cutinase Cut190 with thermostability-improving mutations of S226P/R228S/Q138A/D250C-E296C/Q123H/N202H and S176A inactivation | ||||||
![]() | Alpha/beta hydrolase family protein | ||||||
![]() | HYDROLASE / PROTEIN ENGINEERING / POLYESTERASE / DISULFIDE BOND / METAL BINDING / Ligand complex | ||||||
機能・相同性 | Platelet-activating factor acetylhydrolase, isoform II / cutinase / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / metal ion binding / cutinase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Emori, M. / Numoto, N. / Kamiya, N. / Oda, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Improvement of thermostability and activity of PET-degrading enzyme Cut190 towards a detailed understanding and application of the enzymatic reaction mechanism. 著者: Numoto, N. / Kamiya, N. / Oda, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 970.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 963.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ibmC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28889.537 Da / 分子数: 2 変異: Q123H,Q138A, S176A, N202H, S226P, R228S, D250C, E296C 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Cut190, SAMN02982918_2340 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.5, 0.2 M Ammonium sulfate, and 30% (w/v) PEG MME 5,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→33 Å / Num. obs: 15681 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 36.34 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rsym value: 0.276 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.61→2.76 Å / Num. unique obs: 2506 / CC1/2: 0.642 / Rsym value: 1.22 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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