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- PDB-8ias: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ias
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase
要素Pyruvate kinase
キーワードTRANSFERASE / Pyruvate kinase / Streptococcus pneumoniae / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / potassium ion binding / glycolytic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate kinase / Pyruvate kinase, barrel / Pyruvate kinase, insert domain superfamily / Pyruvate kinase, barrel domain / Pyruvate kinase, C-terminal / Pyruvate kinase, C-terminal domain superfamily / Pyruvate kinase, alpha/beta domain / Pyruvate kinase-like, insert domain superfamily / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Pyruvate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Nakashima, R. / Taguchi, A.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20759 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural characterization of Streptococcus pneumoniae pyruvate kinase involved in fosfomycin resistance.
著者: Taguchi, A. / Nakashima, R. / Nishino, K.
履歴
登録2023年2月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年7月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate kinase
B: Pyruvate kinase
C: Pyruvate kinase
D: Pyruvate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,4517
ポリマ－227,9744
非ポリマー4763
水15,439857
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area74000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.094, 84.705, 107.012
Angle α, β, γ (deg.)101.22, 96.82, 91.42
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate kinase


分子量: 56993.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pykF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQ84
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 50mM Sodium citrate pH5.5, 11% PEG1000, 10mM Na HEPES pH7.5, 75mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月26日
詳細: Main beamline optics is a double-crystal monochromator and a horizontal focusing mirror.
放射モノクロメーター: Double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→49.07 Å / Num. obs: 168397 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.58 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 9.78
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
2-2.120.785270980.6920.9291
2.12-2.260.484256400.8430.5721
2.26-2.450.313239050.9440.3651
2.45-2.680.206221140.9670.2411
2.68-2.990.131198280.9820.1551
2.99-3.450.08173820.9910.0951
3.45-4.230.057148250.9940.0671
4.23-5.950.048112380.9950.0571
5.95-49.070.04263670.9980.0491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→49.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21519 8420 5 %RANDOM
Rwork0.17809 ---
obs0.17996 159970 96.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.222 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å2-0.34 Å20.29 Å2
2--1.56 Å2-0.93 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15344 0 32 857 16233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01315553
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0360.01714996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.64320979
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3041.58334760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.42751998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.68123.05800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.494152882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.54715108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.22134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.023034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.183.868004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.1753.8598003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2865.7689998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2865.7699999
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.554.4977549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5494.4977550
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0026.4910982
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.7774.98565562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.76274.96465150
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.049 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 613 -
Rwork0.276 11637 -
obs--95.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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