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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ia1 | ||||||
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タイトル | plastidial glycerol-3-phosphate acyltransferases (GPAT) from the green alga Myrmecia incisa | ||||||
要素 | Glycerol-3-phosphate acyltransferase, chloroplastic | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / plastidial glycerol-3-phosphate acyltransferases | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycerol-3-phosphate 1-O-acyltransferase / glycerol-3-phosphate O-acyltransferase activity / : / CDP-diacylglycerol biosynthetic process / chloroplast stroma 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lobosphaera incisa (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å | ||||||
データ登録者 | Song, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Unique recognition of the microalgal plastidial glycerol-3-phosphate acyltransferase for acyl-ACP 著者: Song, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ia1.cif.gz | 275.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ia1.ent.gz | 180.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ia1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ia1_validation.pdf.gz | 444.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ia1_full_validation.pdf.gz | 453.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ia1_validation.xml.gz | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ia1_validation.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8ia1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ia/8ia1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41651.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lobosphaera incisa (植物) / 遺伝子: GPAT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B5EHP8 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.04 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1.0001 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.31→37.32 Å / Num. obs: 50682 / % possible obs: 89.19 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 28.13 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/av σ(I): 16.1 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.61 / Num. unique obs: 2902 / CC1/2: 0.76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→37.32 Å / SU ML: 0.2843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.9081 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.65 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.31→37.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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