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- PDB-8i9m: The RAGE and HMGB1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i9m
タイトルThe RAGE and HMGB1 complex
要素
  • Advanced glycosylation end product-specific receptor
  • High mobility group protein B1
キーワードIMMUNE SYSTEM / RAGE / HMGB1 / Inflammation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation ...regulation of restriction endodeoxyribonuclease activity / regulation of tolerance induction / calcium-dependent protein kinase regulator activity / positive regulation of myeloid progenitor cell differentiation / regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of mismatch repair / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of apoptotic cell clearance / plasmacytoid dendritic cell activation / negative regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / myeloid dendritic cell activation / glucose mediated signaling pathway / T-helper 1 cell activation / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of toll-like receptor 2 signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of dendritic cell differentiation / regulation of p38MAPK cascade / C-X-C chemokine binding / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / neutrophil clearance / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of glycogen catabolic process / DNA geometric change / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / endothelial cell chemotaxis / transcytosis / RAGE receptor binding / positive regulation of interleukin-1 production / eye development / Regulation of TLR by endogenous ligand / bubble DNA binding / induction of positive chemotaxis / V(D)J recombination / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / myeloid cell differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / Apoptosis induced DNA fragmentation / inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of nucleotide-excision repair / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of monocyte chemotaxis / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / MyD88 deficiency (TLR2/4) / S100 protein binding / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of p38MAPK cascade / regulation of long-term synaptic potentiation / cellular response to interleukin-7 / endothelial cell proliferation / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / protein localization to membrane / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / glycogen catabolic process / apoptotic cell clearance / supercoiled DNA binding / regulation of spontaneous synaptic transmission / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / dendritic cell chemotaxis / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / DNA binding, bending / positive regulation of DNA binding / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of wound healing / negative regulation of interleukin-10 production / phosphatidylserine binding / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / negative regulation of type II interferon production / DNA topological change / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of interleukin-10 production / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / protein kinase activator activity / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Pyroptosis / phagocytosis / phagocytic cup / transport across blood-brain barrier / four-way junction DNA binding / positive regulation of chemokine production / condensed chromosome
類似検索 - 分子機能
: / HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...: / HMG box A DNA-binding domain, conserved site / HMG box A DNA-binding domain signature. / : / HMG-box domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
High mobility group protein B1 / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.19 Å
データ登録者Han, C.W. / Kim, H.J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The RAGE and HMGB1 complex
著者: Han, C.W. / Kim, H.J.
履歴
登録2023年2月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High mobility group protein B1
B: Advanced glycosylation end product-specific receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6592
ポリマ－31,6592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, 1 copy of chain A 1 copy of chain B
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 High mobility group protein B1 / High mobility group protein 1 / HMG-1


分子量: 8590.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HMGB1, HMG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09429
#2: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 23068.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15109
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The RAGE and HMGB1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.50 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1800 nm
撮影電子線照射量: 39.99 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.14_3260精密化
PHENIX1.14_3260精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 121467 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.01452289
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.31213103
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1215324
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0181409
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.46551408

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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