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- PDB-8i98: Crystal structure of TePixD Y8F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i98
タイトルCrystal structure of TePixD Y8F
要素Tll0078 protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Polymer / Photoreceptor / Blue light-using flavin (BLUF) photoreceptor protein / Mutant
機能・相同性Sensors of blue-light using FAD / BLUF domain profile. / BLUF domain / Sensors of blue-light using FAD / Acylphosphatase-like domain superfamily / blue light photoreceptor activity / FAD binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Tll0078 protein
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus vestitus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Hu, R. / Lin, L. / Lu, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Key Research and Development Program2020YFA0509700 中国
引用ジャーナル: Progress in Biochemistry and Biophysics / 年: 2023
タイトル: Structure of the BLUF Protein TePixD Y8F Mutant
著者: Hu, R. / Zhou, Y. / Lin, L. / Ding, B. / Lu, Q.
履歴
登録2023年2月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tll0078 protein
B: Tll0078 protein
C: Tll0078 protein
D: Tll0078 protein
E: Tll0078 protein
F: Tll0078 protein
G: Tll0078 protein
H: Tll0078 protein
I: Tll0078 protein
J: Tll0078 protein
K: Tll0078 protein
L: Tll0078 protein
M: Tll0078 protein
N: Tll0078 protein
O: Tll0078 protein
P: Tll0078 protein
Q: Tll0078 protein
R: Tll0078 protein
S: Tll0078 protein
T: Tll0078 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)383,43440
ポリマ－374,30820
非ポリマー9,12720
水00
1
A: Tll0078 protein
B: Tll0078 protein
C: Tll0078 protein
D: Tll0078 protein
E: Tll0078 protein
F: Tll0078 protein
G: Tll0078 protein
H: Tll0078 protein
I: Tll0078 protein
J: Tll0078 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,71720
ポリマ－187,15410
非ポリマー4,56310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Tll0078 protein
L: Tll0078 protein
M: Tll0078 protein
N: Tll0078 protein
O: Tll0078 protein
P: Tll0078 protein
Q: Tll0078 protein
R: Tll0078 protein
S: Tll0078 protein
T: Tll0078 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,71720
ポリマ－187,15410
非ポリマー4,56310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.273, 162.042, 135.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_3ens_1
d_4ens_1
d_5ens_1
d_6ens_1
d_7ens_1
d_8ens_1
d_9ens_1
d_10ens_1
d_11ens_1
d_12ens_1
d_13ens_1
d_14ens_1
d_15ens_1
d_16ens_1
d_17ens_1
d_18ens_1
d_19ens_1
d_20ens_1

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99922637355, -0.0388550041265, -0.00607807994005), (-0.0309523183341, 0.872324086126, -0.487947377034), (0.0242612528773, -0.487381757371, -0.872851885597)49.1540291711, 33.6948009771, 126.50053272
2given(-0.657695780095, 0.55710973143, -0.507015786727), (0.582980070562, -0.0498022506901, -0.810958675367), (-0.477043497149, -0.828944197743, -0.292029140422)47.7299598357, 72.7625039118, 117.57267153
3given(-0.056767757961, 0.198421175689, -0.978471490997), (0.203439177274, -0.957190757791, -0.20590860679), (-0.977440495788, -0.210748405067, 0.0139709325248)74.2728932858, 81.0506791926, 87.9793881123
4given(-0.0155765395592, -0.635412219423, -0.772015986119), (-0.629218366228, -0.593828743136, 0.501449570173), (-0.77707246703, 0.493577486555, -0.390563241678)93.0681932923, 45.9302719902, 80.2973786428
5given(-0.590885363199, -0.791384228104, -0.156733822341), (-0.790128021078, 0.528440764977, 0.31056089293), (-0.162948451555, 0.307345670897, -0.937542767407)76.8908875551, 18.6384874471, 105.022130013
6given(0.614426708566, 0.775776045993, 0.143705762809), (-0.590675238721, 0.331551825958, 0.735646755628), (0.523051223268, -0.53688445048, 0.661945998303)-29.011189294, -3.63521625241, 27.0470449512
7given(0.0251159975763, 0.658145799353, 0.752471456907), (-0.175731123211, -0.738081280235, 0.651425050257), (0.984117756674, -0.14859384429, 0.0971190529113)-45.6605277702, 31.7652401199, 34.375454349
8given(0.0330582223865, -0.152891310018, 0.987689931736), (0.679953333478, -0.720843634709, -0.134342542002), (0.732509807597, 0.676024187156, 0.0801291467247)-29.0474392824, 56.4315835987, 9.67068258866
9given(0.617597041187, -0.569982369954, 0.541935413734), (0.774620669126, 0.32154158848, -0.544585921449), (0.136149600366, 0.756129026569, 0.640103258467)-1.04741318634, 39.3417147373, -11.2933152644
10given(0.752096494891, -0.535846424731, 0.383691896547), (-0.479935211873, -0.0463050291939, 0.876081067411), (-0.451678043276, -0.843044751703, -0.291997417537)37.7318438645, 9.75475730599, 184.520881574
11given(-0.725666327469, -0.685852452944, -0.0549071395111), (0.487155601885, -0.455798016146, -0.74493461997), (0.485888671128, -0.567322290474, 0.664874136962)103.909480095, 96.5314988471, 96.3396949298
12given(-0.98837570626, 0.14496554788, -0.0458088769045), (-0.146049946519, -0.989048582263, 0.0212676995785), (-0.0422241210359, 0.0277108616134, 0.998723801534)78.1163957206, 87.0955352205, 66.8959847009
13given(-0.516098634234, 0.587100387558, -0.623662837334), (-0.846289385501, -0.237273930083, 0.476964734641), (0.132047248099, 0.773960087493, 0.619313577468)83.5552803138, 48.7651645835, 56.5649995219
14given(0.0408170511625, 0.0300807813095, -0.99871373022), (-0.649483445159, 0.760367009067, -0.00364225021188), (0.75927941023, 0.648796700144, 0.0505729085894)113.389931762, 34.3634166762, 79.3801534467
15given(-0.0903574674887, -0.757096592843, -0.647024170472), (0.180646862478, 0.626444825861, -0.758243754493), (0.979388706871, -0.185395871739, 0.0801631561037)125.961625681, 63.6755090303, 104.103763986
16given(0.978617087025, 0.198744632149, -0.0530015865332), (0.199829687222, -0.857555151578, 0.473990778503), (0.0487513393421, -0.474446765395, -0.87893320208)29.6030640539, 47.7810739359, 192.840802843
17given(0.479445115864, 0.841005288269, 0.250684036145), (0.865163013491, -0.405103054569, -0.29560865222), (-0.147055571001, 0.358610680659, -0.921831350495)-0.433149605434, 59.4989353266, 168.617347901
18given(-0.0586723531162, 0.525579270307, 0.8487190263), (0.608258879266, 0.692960515513, -0.38707474696), (-0.791567237052, 0.493530297513, -0.360345881984)-10.618641931, 29.3526875671, 146.254825881
19given(0.109669337844, -0.334345562325, 0.936047905446), (-0.212127790748, 0.912159518406, 0.350666242135), (-0.971068708552, -0.237019108796, 0.0291119449098)13.2242742209, -2.25277686821, 155.182974314

-
要素

#1: タンパク質
Tll0078 protein


分子量: 18715.377 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus vestitus (strain NIES-2133 / IAM M-273 / BP-1) (バクテリア)
遺伝子: tll0078 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DMN3
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (v/v) 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD), 100 mM Sodium acetate/Hydrochloric acid, pH 4.6, 20 mM Calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.91973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→35.88 Å / Num. obs: 115138 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.54→2.631 Å / 冗長度: 5.9 % / Num. unique obs: 11342 / CC1/2: 0.788

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.54→35.88 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 5750 5 %
Rwork0.2031 --
obs0.206 115095 98.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→35.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22385 0 620 0 23005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01323616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.63631848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4363270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0753434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0274004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.54-2.570.32931800.26163713X-RAY DIFFRACTION99
2.57-2.60.34411730.26683584X-RAY DIFFRACTION98
2.6-2.630.3481680.26553528X-RAY DIFFRACTION96
2.63-2.660.30171970.26613547X-RAY DIFFRACTION95
2.66-2.70.32691970.26143637X-RAY DIFFRACTION99
2.7-2.740.36172130.2783622X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.780.34062140.26693631X-RAY DIFFRACTION99
2.78-2.820.29512310.26143641X-RAY DIFFRACTION100
2.82-2.860.32121820.25583664X-RAY DIFFRACTION99
2.86-2.910.34871960.26593678X-RAY DIFFRACTION99
2.91-2.960.38451980.27863668X-RAY DIFFRACTION99
2.96-3.010.34991910.27313651X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.070.33991880.25313704X-RAY DIFFRACTION99
3.07-3.130.32031960.26373636X-RAY DIFFRACTION99
3.13-3.20.33752100.2553650X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.270.31262150.2533650X-RAY DIFFRACTION99
3.27-3.360.31232000.25543662X-RAY DIFFRACTION99
3.36-3.450.29831840.23363486X-RAY DIFFRACTION94
3.45-3.550.2741800.20913603X-RAY DIFFRACTION97
3.55-3.660.29111910.20323671X-RAY DIFFRACTION100
3.66-3.790.30891780.20213704X-RAY DIFFRACTION99
3.79-3.950.24271920.19443732X-RAY DIFFRACTION100
3.95-4.130.2211820.17193708X-RAY DIFFRACTION100
4.13-4.340.21681800.1673678X-RAY DIFFRACTION99
4.34-4.620.20091730.15373691X-RAY DIFFRACTION99
4.62-4.970.20341840.15923652X-RAY DIFFRACTION98
4.97-5.470.22771800.16123558X-RAY DIFFRACTION95
5.47-6.260.22281950.19273723X-RAY DIFFRACTION100
6.26-7.890.2031820.16873709X-RAY DIFFRACTION99
7.89-35.880.16782000.14643564X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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