PDB-8i8u: Crystal structure of horse spleen L-ferritin S118A mutant at -180...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i8u

タイトル

Crystal structure of horse spleen L-ferritin S118A mutant at -180deg Celsius.

要素

Ferritin light chain

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Ferritin / S118A mutant / X-ray structure

機能・相同性

機能・相同性情報

ferritin complex / autolysosome / ferric iron binding / autophagosome / ferrous iron binding / iron ion transport / cytoplasmic vesicle / intracellular iron ion homeostasis / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Equus caballus (ウマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Maity, B. / Tian, J. / Abe, S. / Ueno, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2023
タイトル: Atomic-level insights into a unique semi-clathrate hydrate formed in a confined environment of porous protein crystal.
著者: Maity, B. / Tian, J. / Furuta, T. / Abe, S. / Ueno, T.

履歴

登録	2023年2月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i8u.cif.gz	61.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i8u.ent.gz	42.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i8u_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i8u_full_validation.pdf.gz	448.7 KB	表示
XML形式データ	8i8u_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	8i8u_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i6lC 8i77C 8i81C 8i8qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (11) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Ferritin light chain

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

X: Ferritin light chain

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis, Native gel electrophoresis
500 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	4_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_555	z,-x,-y	1
crystal symmetry operation	7_555	-z,-x,y	1
crystal symmetry operation	8_555	-z,x,-y	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_555	-y,z,-x	1
crystal symmetry operation	11_555	y,-z,-x	1
crystal symmetry operation	12_555	-y,-z,x	1
crystal symmetry operation	13_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	14_555	-y,-x,-z	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	17_555	x,z,-y	1
crystal symmetry operation	18_555	-x,z,y	1
crystal symmetry operation	19_555	-x,-z,-y	1
crystal symmetry operation	20_555	x,-z,y	1
crystal symmetry operation	21_555	z,y,-x	1
crystal symmetry operation	22_555	z,-y,x	1
crystal symmetry operation	23_555	-z,y,x	1
crystal symmetry operation	24_555	-z,-y,-x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.296, 181.296, 181.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-207- CD
2	1	X-208- CD
3	1	X-209- CD
4	1	X-516- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 X

#1: タンパク質	Ferritin light chain / Ferritin L subunit 分子量: 19856.428 Da / 分子数: 1 / 変異: S118A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: FTL / プラスミド: PMK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02791

-
非ポリマー , 5種, 245分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.65 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Ammonium sulfate (0.5-1.0M), Cadmium sulfate(12-20mM) Temp details: Non-shaking incubation

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→18.51 Å / Num. obs: 34030 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.107 / R_rim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / R_merge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1652 / CC_1/2: 0.467 / R_rim(I) all: 1.272

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrysalisPro	v42	データ収集
CrysalisPro	v42	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
MOLREP	11.9.02	位相決定
REFMAC	5.8.0403	精密化
Coot	0.9.8.6 EL	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→18.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.752 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.073 / ESU R Free: 0.076 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2033	1724	5.07 %
R_work	0.171	32282	-
all	0.173	-	-
obs	-	34006	99.505 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.249 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1392	0	32	234	1658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	1.649	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.556	1.579	3289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.763	5	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.074	5	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.158	10	275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.399	10	83
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	339
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.071	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.202	0.2	162
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.336	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.379	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.372	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.792	1.221	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.742	1.222	715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.899	2.179	897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.897	2.187	898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.756	1.535	792
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.731	1.515	781
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.451	2.654	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.429	2.614	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.622	15.555	1855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.416	13.712	1770

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.6-1.641	0.287	126	0.294	2305	0.294	2442	0.943	0.933	99.5496	0.284
1.641-1.686	0.28	106	0.272	2261	0.273	2390	0.945	0.945	99.0377	0.258
1.686-1.735	0.299	124	0.255	2191	0.257	2326	0.933	0.951	99.5271	0.239
1.735-1.787	0.261	118	0.239	2146	0.24	2269	0.956	0.957	99.7796	0.217
1.787-1.845	0.245	115	0.223	2086	0.224	2208	0.96	0.966	99.683	0.197
1.845-1.91	0.19	108	0.203	2008	0.202	2128	0.975	0.973	99.4361	0.175
1.91-1.981	0.252	94	0.188	1948	0.191	2066	0.959	0.977	98.8383	0.159
1.981-2.061	0.185	88	0.175	1882	0.176	1984	0.98	0.98	99.2943	0.143
2.061-2.151	0.219	96	0.149	1821	0.152	1927	0.973	0.986	99.4811	0.123
2.151-2.255	0.165	107	0.137	1732	0.139	1842	0.982	0.988	99.8371	0.111
2.255-2.375	0.159	91	0.134	1664	0.135	1755	0.984	0.988	100	0.109
2.375-2.516	0.217	84	0.136	1598	0.14	1682	0.971	0.988	100	0.111
2.516-2.686	0.161	70	0.137	1498	0.138	1568	0.984	0.988	100	0.113
2.686-2.896	0.19	70	0.137	1400	0.139	1470	0.979	0.988	100	0.113
2.896-3.165	0.198	66	0.141	1306	0.144	1372	0.973	0.987	100	0.119
3.165-3.526	0.176	76	0.167	1185	0.167	1261	0.98	0.984	100	0.149
3.526-4.047	0.178	76	0.14	1050	0.143	1126	0.979	0.988	100	0.128
4.047-4.898	0.151	49	0.129	928	0.13	978	0.987	0.989	99.8978	0.118
4.898-6.697	0.244	43	0.202	754	0.204	797	0.972	0.98	100	0.178
6.697-18.51	0.281	17	0.188	519	0.191	544	0.963	0.976	98.5294	0.172

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