PDB-8i8p: Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i8p

タイトル

Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyltransferase from Acinetobacter baumannii with Dephosphocoenzyme-A at 2.19 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / coaD / PPAT / COENZYME A biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.19 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Gupta, A. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of phosphopantetheine adenylyltransferase from Acinetobacter baumannii with Dephosphocoenzyme-A at 2.19 A resolution.
著者: Ahmad, N. / Viswanathan, V. / Gupta, A. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2023年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2023年4月12日	ID: 6KYG
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i8p.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i8p.ent.gz	37.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i8p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i8p_validation.pdf.gz	666.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i8p_full_validation.pdf.gz	668.3 KB	表示
XML形式データ	8i8p_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	8i8p_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8p	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	217.038, 217.038, 217.038
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	210
Space group name H-M	F4₁32

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 18479.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 遺伝子: coaD, HMPREF0010_01342 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: D0C9M9, pantetheine-phosphate adenylyltransferase

#1: タンパク質

Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT

分子量: 18479.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア)
遺伝子: coaD, HMPREF0010_01342
発現宿主:

Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: D0C9M9, pantetheine-phosphate adenylyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 94分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-COD / DEPHOSPHO COENZYME A / デホスホCoA 分子量: 687.554 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₅N₇O₁₃P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1M LITHIUM SULPHATE, 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97199 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→125.307 Å / Num. obs: 22090 / % possible obs: 95.48 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.19→2.25 Å / Num. unique obs: 1044 / CC_1/2: 0.631

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.19→125.307 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	1044	4.726 %
R_work	0.2011	21046	-
all	0.203	-	-
obs	-	22090	95.582 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.419 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.19→125.307 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1305	0	56	89	1450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.068	1.65	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.105	1.571	2970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.381	5	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.226	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.34	5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.17	10	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.635	10	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	788
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.292	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.196	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.295	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.296	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.455	6.008	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.449	6.011	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.764	10.786	812
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.802	10.789	813
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.399	7.33	740
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.337	7.306	733
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.612	12.962	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	13.611	12.925	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	15.806	65.649	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	15.652	64.577	1593

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.19-2.247	0.369	64	0.345	1006	0.347	1672	0.925	0.912	63.9952	0.332
2.247-2.309	0.423	57	0.328	1210	0.332	1639	0.899	0.926	77.3032	0.306
2.309-2.376	0.421	74	0.316	1460	0.321	1579	0.909	0.938	97.1501	0.282
2.376-2.449	0.312	66	0.307	1474	0.307	1540	0.943	0.947	100	0.269
2.449-2.529	0.306	72	0.285	1418	0.286	1490	0.945	0.958	100	0.239
2.529-2.618	0.309	51	0.263	1395	0.264	1446	0.955	0.961	100	0.214
2.618-2.717	0.288	61	0.253	1335	0.255	1396	0.959	0.968	100	0.211
2.717-2.827	0.229	80	0.209	1273	0.21	1353	0.966	0.973	100	0.178
2.827-2.953	0.291	53	0.219	1253	0.222	1306	0.952	0.969	100	0.195
2.953-3.097	0.345	52	0.234	1193	0.238	1245	0.918	0.965	100	0.214
3.097-3.264	0.296	56	0.23	1132	0.233	1188	0.943	0.969	100	0.217
3.264-3.462	0.287	48	0.216	1080	0.218	1128	0.955	0.976	100	0.211
3.462-3.701	0.284	55	0.216	1013	0.219	1068	0.959	0.978	100	0.219
3.701-3.997	0.233	58	0.195	944	0.197	1002	0.97	0.98	100	0.206
3.997-4.379	0.168	45	0.163	883	0.163	928	0.984	0.986	100	0.189
4.379-4.895	0.14	43	0.125	807	0.126	850	0.984	0.99	100	0.151
4.895-5.65	0.191	33	0.177	729	0.178	762	0.987	0.982	100	0.217
5.65-6.917	0.304	32	0.206	618	0.211	650	0.952	0.976	100	0.249
6.917-9.767	0.173	34	0.145	496	0.147	531	0.984	0.988	99.8117	0.201
9.767-125.307	0.245	10	0.241	327	0.241	338	0.976	0.951	99.7041	0.403

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