PDB-8i8i: Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i8i

タイトル

Crystal structure of Phosphopantetheine adenylyltransferase from Klebsiella pneumoniae at 2.59 A resolution

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

coaD /

PPAT (アミドホスホリボシルトランスフェラーゼ) / COENZYME A biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase /

pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process /

ATP binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Ahmad, N. / Singh, P.K. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Eur.Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: Structure of a novel form of phosphopantetheine adenylyltransferase from Klebsiella pneumoniae at 2.59 angstrom resolution.
著者: Ahmad, N. / Sharma, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2023年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2023年2月22日	ID: 7WGJ
改定 1.0	2023年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i8i.cif.gz	110.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i8i.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i8i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i8i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

53.1 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.819, 72.819, 200.365
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT 分子量: 17684.543 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: coaD, kdtB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9XC89, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 20% PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→41.27 Å / Num. obs: 17572 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 48.8 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 3.21
反射シェル	解像度: 2.59→2.67 Å / Num. unique obs: 632 / CC_1/2: 0.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→41.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 13.709 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.893 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	632	3.597 %
R_work	0.2079	16940	-
all	0.21	-	-
obs	-	17572	99.949 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.056 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3720	0	4	145	3869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	1.638	5154
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.395	1.572	8501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.82	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.472	5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.562	10	664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.267	10	163
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	595
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	734
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1895
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.056	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.237	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.29	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.311	5.448	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.309	5.448	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.965	9.784	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.964	9.788	2380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.552	6.008	1900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.551	6.008	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.42	10.796	2774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.419	10.795	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.133	53.001	4119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.15	53.069	4105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.59-2.657	0.355	45	0.295	1200	0.297	1246	0.931	0.952	99.9197	0.261
2.657-2.73	0.351	44	0.288	1184	0.29	1228	0.934	0.95	100	0.254
2.73-2.808	0.413	44	0.26	1173	0.265	1217	0.917	0.957	100	0.222
2.808-2.894	0.336	41	0.271	1101	0.274	1142	0.937	0.953	100	0.229
2.894-2.989	0.265	40	0.254	1092	0.255	1132	0.959	0.957	100	0.212
2.989-3.093	0.318	40	0.246	1062	0.249	1102	0.91	0.956	100	0.208
3.093-3.209	0.289	38	0.217	1033	0.219	1071	0.941	0.968	100	0.19
3.209-3.339	0.319	37	0.234	994	0.237	1031	0.934	0.968	100	0.208
3.339-3.487	0.273	36	0.225	948	0.227	984	0.946	0.968	100	0.202
3.487-3.656	0.274	34	0.222	910	0.224	944	0.968	0.968	100	0.197
3.656-3.852	0.225	32	0.209	878	0.209	910	0.967	0.975	100	0.188
3.852-4.083	0.257	31	0.187	830	0.19	861	0.957	0.979	100	0.17
4.083-4.362	0.216	30	0.161	785	0.163	815	0.975	0.983	100	0.149
4.362-4.707	0.186	27	0.143	734	0.144	761	0.984	0.987	100	0.139
4.707-5.15	0.196	26	0.153	689	0.155	715	0.975	0.986	100	0.149
5.15-5.746	0.29	23	0.184	624	0.188	647	0.961	0.979	100	0.169
5.746-6.614	0.229	21	0.223	563	0.223	584	0.969	0.968	100	0.204
6.614-8.049	0.327	18	0.208	486	0.212	504	0.924	0.973	100	0.209
8.049-11.172	0.104	15	0.142	390	0.14	405	0.995	0.986	100	0.164
11.172-41.27	0.345	10	0.312	264	0.312	275	0.923	0.921	99.6364	0.308

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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