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- PDB-8i8f: Crystal structure of NDM-1 at pH5.5 (Succinate) in complex with h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i8f
タイトルCrystal structure of NDM-1 at pH5.5 (Succinate) in complex with hydrolyzed compound 1
要素Metallo beta lactamase NDM-1
キーワードHYDROLASE-INHIBITOR / penicillin / hydrolase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Shi, X. / Liu, W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: Interplay between the beta-lactam side chain and an active-site mobile loop of NDM-1 in penicillin hydrolysis as a potential target for mechanism-based inhibitor design.
著者: Shi, X. / Dai, Y. / Lan, Z. / Wang, S. / Cui, L. / Xiao, C. / Zhao, K. / Li, X. / Liu, W. / Zhang, Q.
履歴
登録2023年2月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo beta lactamase NDM-1
B: Metallo beta lactamase NDM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1538
ポリマ－57,0552
非ポリマー1,0996
水10,052558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.114, 78.847, 133.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Metallo beta lactamase NDM-1 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM-1 / NDM1 ...Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase NDM1 / Metallobetalactamase NDM-1 / NDM-1 / NDM1 metallo-beta-lactamase / New Delhi Metallo carbapenemase-1 / New Delhi metallo-beta-lactamase NDM-1 / New Delhi metallo-beta-lactamse 1


分子量: 28527.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1, bla NDM-1, blaNDM1, NDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9NWK5
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OL6 / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-1-(2-naphthalen-1-yloxyethanoylamino)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-ethyl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid


分子量: 418.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N2O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M Succinate pH5.5, 32%PEG3350 / PH範囲: 5.0-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→27.77 Å / Num. obs: 33742 / % possible obs: 98.86 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 18.47 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 22.92
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Num. unique obs: 2305 / CC1/2: 0.937

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX1.19.1_4122位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→27.77 Å / SU ML: 0.1529 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.41
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1895 1738 5.15 %
Rwork0.151 32004 -
obs0.1529 33742 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 22.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→27.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3568 0 62 558 4188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00733761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94555140
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0593571
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.3308568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.28791110.1982305X-RAY DIFFRACTION86.84
1.94-20.19861400.16892654X-RAY DIFFRACTION99.93
2-2.080.21681540.15862664X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.160.18891560.16362642X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.260.2381450.15932652X-RAY DIFFRACTION99.89
2.26-2.380.23781580.15892652X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.530.21061400.16532679X-RAY DIFFRACTION99.89
2.53-2.720.19621330.16252697X-RAY DIFFRACTION99.68
2.72-2.990.21071460.1612696X-RAY DIFFRACTION99.93
2.99-3.430.17581640.14152692X-RAY DIFFRACTION99.9
3.43-4.310.14891410.12782782X-RAY DIFFRACTION100
4.32-27.770.15861500.14092889X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1245192643930.00986193920304-0.03231702593420.154682579202-0.02813370533050.09356697249180.1201346874180.394087116275-0.101290289481-0.39035829131-0.1103442990230.1995999539570.3961035054470.122163401151-0.00511055189950.3145115564610.0557567356412-0.0489011914160.2359375301380.02331508903640.233298268824-7.43929927242.06852049484-22.1401013391
20.2382669732060.10600086835-0.1487886926950.195349732718-0.2013742156740.242895949784-0.1843199822640.244174561813-0.117741488381-0.288679573516-0.1476690696240.2169073208770.162925007449-0.198525304063-0.2635947316190.217827631766-0.00921848952509-0.07690307943450.20789525061-0.0556351567520.191726507378-14.36977609346.86311035036-23.1604303829
30.523753658143-0.001501923195270.102302041170.994604959017-0.05167619791560.5079186469490.02961823743850.00193063944943-0.009729940711410.000359168932141-0.02182906722890.005008453728210.0356358804990.0188388392787-4.18833503772E-60.0942040997389-0.00482492771038-0.01369533157160.10244154320.01557560261850.0735376420794-10.021684648618.0898571965-14.850661295
40.01702215736380.01558569067690.01613525933370.05137459995090.01164359878440.02673858627020.05635989175150.3395030748310.278925958347-0.277531028312-0.163204864093-0.142703044154-0.3659760816950.134599040591-0.001561434618650.2302737231490.004611359661440.0139161577390.2317012627470.04212259205130.151526625028-1.2937286147426.175666841-31.1467660555
50.1648814655520.0639522087512-0.03836940939860.177665060154-0.09469587558510.594027181887-0.135263302277-0.3691812353740.02509944476530.422052337311-0.172176057458-0.149202049863-0.2058482504770.362093403819-0.02428201431920.319244242815-0.0487154305721-0.02017935100780.268992306032-0.006150260760680.217783946276-14.461406774324.6018168429-48.3412392919
60.680936462183-0.08278856005620.2075351816440.186351415725-0.0355946650550.06500480005240.0694702070986-0.5638114415410.2866399603110.21646149606-0.2591663372050.0902790840471-0.123358846015-0.184644670383-0.1377965075880.199289585016-0.05766945957310.009385335556740.270532671896-0.07992445953980.165135225782-20.189569901619.5379153943-43.824977258
70.4550298681680.115452597995-0.03820353467460.142769055542-0.1422668542670.1395850408510.04338973526390.01118514807770.269513570178-0.01245812607880.01068439672120.0450426995506-0.11217477172-0.03953720719750.02962538620410.1244020201020.02352897254870.009992979364980.09464109037980.01071954298280.147090245893-23.887398420219.7236237107-56.1605112418
80.3396267117670.0115984529697-0.1084481352320.7339395790320.0008371802023350.288156845390.01664875912850.003077677083490.06848183926910.0387477989857-0.00928077247709-0.11324543179-0.007698511182560.00885192156746-2.03757118779E-50.0930174135680.01023977819-0.01317532620320.09689818760480.0007263571713580.109443698974-19.22131450984.78695550377-52.6019104039
90.03754311761410.126596633738-0.02916328730960.6473875986520.05113306004980.104427068250.0316148123203-0.163319178737-0.007901600177570.403982207642-0.014196660742-0.2029402348780.2237373556110.101598686035-0.01285670120470.1695532348730.00456833250149-0.04564198946110.1994426261380.03317317093410.231667540221-5.313228194710.254777069078-43.2076363864
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 31 through 57 )AA31 - 571 - 27
22chain 'A' and (resid 58 through 70 )AA58 - 7028 - 40
33chain 'A' and (resid 71 through 255 )AA71 - 25541 - 225
44chain 'A' and (resid 256 through 270 )AA256 - 270226 - 240
55chain 'B' and (resid 32 through 57 )BE32 - 571 - 26
66chain 'B' and (resid 58 through 70 )BE58 - 7027 - 39
77chain 'B' and (resid 71 through 118 )BE71 - 11840 - 87
88chain 'B' and (resid 119 through 255 )BE119 - 25588 - 224
99chain 'B' and (resid 256 through 270 )BE256 - 270225 - 239

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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