PDB-8i83: Crystal Structure of phosphinothricin dehydrogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i83

タイトル

Crystal Structure of phosphinothricin dehydrogenase

要素

Glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Phosphinothricin dehydrogenase / glufosinate dehydrogenase / amino acid dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / L-glutamate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lysinibacillus composti (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Cheng, F. / Xue, Y.P. / Zheng, Y.G. / Zou, S.P.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of phosphinothricin dehydrogenase
著者: Cheng, F. / Xue, Y.P. / Zheng, Y.G.

履歴

登録	2023年2月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	8i83_validation.pdf.gz	487.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i83_full_validation.pdf.gz	515.5 KB	表示
XML形式データ	8i83_validation.xml.gz	81.9 KB	表示
CIF形式データ	8i83_validation.cif.gz	112.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i8/8i83	HTTPS FTP

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関連構造データ

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リンク

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登録構造単位

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

C: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

F: Glutamate dehydrogenase

E: Glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

281 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Glutamate dehydrogenase

B: Glutamate dehydrogenase

D: Glutamate dehydrogenase

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ヘテロ分子

E: Glutamate dehydrogenase

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登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	95.130, 126.667, 223.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Glutamate dehydrogenase 分子量: 46799.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lysinibacillus composti (バクテリア) 遺伝子: EBB45_13425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N9UCW8
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.76 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis Tris Propane, pH 6.5, 0.2 M Sodium malonate dibasicmonohydrate, 20% w/v PEG 3350, 10 % v/v Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月14日
放射	モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→48.22 Å / Num. obs: 81285 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 38.74 Å² / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 13.67
反射シェル	解像度: 2.62→2.714 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique obs: 8009 / CC_1/2: 0.703 / CC star: 0.909 / % possible all: 98.71

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.62→48.22 Å / SU ML: 0.3411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2494
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2502	4027	4.96 %
R_work	0.1976	77234	-
obs	0.2002	81261	99.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18425	0	4	436	18865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	18760
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.496	25363
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2838
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	3286
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.0549	6976

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.62-2.65	0.3325	121	0.2711	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.65-2.68	0.3303	122	0.2609	2597	X-RAY DIFFRACTION	98.12
2.68-2.72	0.3256	141	0.254	2608	X-RAY DIFFRACTION	98.5
2.72-2.75	0.3119	129	0.2472	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.75-2.79	0.2745	142	0.244	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.79-2.83	0.2813	143	0.2398	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.83-2.87	0.3028	151	0.243	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.87-2.92	0.2895	147	0.239	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.92-2.97	0.295	141	0.2285	2682	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.97-3.02	0.2584	133	0.2271	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.02-3.07	0.2692	152	0.2206	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.07-3.13	0.2759	158	0.2346	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.13-3.19	0.3092	150	0.223	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.19-3.26	0.3037	122	0.2163	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.68
3.26-3.34	0.2743	126	0.2176	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.34-3.42	0.2963	134	0.2245	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.42-3.52	0.3193	135	0.2204	2633	X-RAY DIFFRACTION	97.64
3.52-3.62	0.2645	158	0.1988	2611	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.62-3.74	0.2499	120	0.1857	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.74-3.87	0.2327	139	0.1848	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.65
3.87-4.02	0.274	139	0.1793	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.47
4.02-4.21	0.2271	142	0.1717	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.12
4.21-4.43	0.1715	140	0.1525	2655	X-RAY DIFFRACTION	98.83
4.43-4.71	0.1773	149	0.1493	2660	X-RAY DIFFRACTION	98.25
4.71-5.07	0.254	127	0.1624	2648	X-RAY DIFFRACTION	96.82
5.07-5.58	0.2321	144	0.1816	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.23
5.58-6.38	0.2573	138	0.206	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.03
6.38-8.04	0.2183	128	0.183	2756	X-RAY DIFFRACTION	98.83
8.04-48.22	0.1887	156	0.1714	2754	X-RAY DIFFRACTION	95.47

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.712645314042	0.0410696204593	-0.0426810994129	0.983532944272	-0.217563373606	0.890463940532	-0.0110839677057	0.0390029906622	-0.0451731271184	-0.0927579576968	-0.0281217496203	0.0950536792105	0.00300799816369	-0.0640873375341	0.0248565162128	0.225764087428	-0.00361809421495	-0.0246669752216	0.261054432397	-0.0420215999285	0.265590290797	14.756274132	8.40466952379	59.1781270956
2	2.57524027747	-0.788500536876	0.825564730637	0.8330539373	-0.0650176577476	1.00382073611	0.235509463679	0.68235546666	-0.196847644916	-0.302107492944	-0.24816865455	0.151660640347	-0.0459910019959	0.0837438643267	0.00930182994127	0.386839526925	0.0683677497829	-0.0255953926072	0.412345733641	-0.0534386534189	0.345797257049	10.4474778262	23.0375848466	41.2448869301
3	0.758505562904	0.366116339746	0.445021745911	0.856715929272	0.110054754088	1.25605828115	-0.0305920314394	-0.205374246499	0.0344133672542	0.124298767525	-0.0321633626045	0.17426586637	-0.146358925303	-0.245608253484	0.0538182246173	0.249698583484	0.0509482261829	0.0198397729783	0.376335856839	-0.043653345017	0.2633530169	2.2068296524	22.6281723377	93.1149058673
4	1.06868003832	-0.160323118978	-0.623248104004	1.23505527547	0.229673742389	1.64290345954	0.186086275242	0.0902675426536	0.120009589083	-0.0698989723156	-0.0202867309282	0.105787318744	-0.469575979024	0.101803067062	-0.112719289087	0.539727731071	0.0962993998186	0.0395714358751	0.463078376256	0.0394852121265	0.431782023831	-16.452531197	50.8181379353	89.0183951465
5	0.901346267507	-0.396312967104	-0.264927474475	0.909508532402	0.250279484018	0.0388993840914	0.00200939101546	0.0989745281467	0.0811033334381	0.00272757793276	-0.037245560205	0.117432437333	-0.0990312259068	-0.215185779735	0.0198053355886	0.325025267522	0.0849698309953	-0.035026736192	0.4842252373	-0.0200471164615	0.268687194522	-11.1514211325	32.189529563	79.5530645306
6	0.725762812888	0.270485058555	0.325492944581	1.0389361557	0.0598620251637	0.937406173303	0.0337624633663	0.158768849579	0.00147509437659	-0.209216752262	-0.0138147242193	-0.143381543056	0.0090582959825	0.0582848055581	-0.0154984092395	0.322199285158	0.0153034999683	0.0909756961165	0.356310081709	-0.0188722784378	0.263713073817	-8.52168770553	49.2563598148	121.634530868
7	0.85395490885	0.228679991226	0.442159368231	0.339108751793	0.523256887652	1.4505925087	-0.0931547694078	0.495998666793	0.248116052241	-0.339520152747	0.148267632606	-0.258098196247	-0.273203737831	0.53122981807	-0.0601304571397	0.578564767451	-0.111992631612	0.206201216892	0.659934311193	0.110808770347	0.607221068714	6.41673682084	65.4161049518	108.505712303
8	0.839963954883	-0.17011688341	0.180745465498	0.713086347745	0.120868779873	0.914495118684	0.0572640971908	-0.121874326683	-0.149761354952	0.159546045565	-0.078704091102	0.182618323218	0.122212233671	-0.181824583372	0.018628307538	0.32921730675	-0.0469676457172	0.060058591441	0.330744518241	0.0212005283763	0.309187326477	4.35889473249	-2.24443116981	96.9968735992
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19	0.377022109878	0.212801802253	-0.155140231068	1.09818203751	0.119379670641	0.572292823876	-0.0267657836461	-0.0107397845189	-0.0806200542411	0.00751357239153	-0.0248446473816	0.11038855881	0.116216148267	-0.0366492716252	0.0407134557142	0.265219860443	-0.00951821617707	0.00843866167868	0.263697584879	0.0246001669063	0.317185023224	-32.9578973762	52.904980509	40.0536961998
20	1.6747309511	0.598477460391	0.125131866168	1.04385512177	0.083516919436	1.2046064332	0.112636190765	-0.043473423813	-0.0573013389112	0.0634534238573	0.0368691559663	0.289194861689	0.0814990935984	-0.302378228178	-0.133939570758	0.492294625683	-0.0387910584892	0.0429958525211	0.385534053166	0.0606255869886	0.54986491296	-49.2860137535	31.1009121073	42.2726052756
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22	1.11279675285	1.14422284745	-0.412915205907	1.47279006883	-0.284750546125	0.725479694442	-0.00849145524847	0.222506638759	-0.227854874559	-0.0359018129008	0.0554421811154	-0.103325911004	0.183359246937	0.0275219412626	-0.0321658415853	0.410507081966	0.0490333168611	0.0646688789319	0.332144228034	-0.0212678400408	0.396989068151	-17.5204363579	39.9934221998	36.1586974797

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -1 through 199 )	A	A	-1 - 199	1 - 201
2	2	chain 'A' and (resid 200 through 408 )	A	A	200 - 408	202 - 410
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 182 )	B	B	1 - 182	1 - 182
4	4	chain 'B' and (resid 183 through 281 )	B	B	183 - 281	183 - 281
5	5	chain 'B' and (resid 282 through 408 )	B	B	282 - 408	282 - 408
6	6	chain 'C' and (resid -1 through 182 )	C	C	-1 - 182	1 - 184
7	7	chain 'C' and (resid 183 through 408 )	C	C	183 - 408	185 - 410
8	8	chain 'D' and (resid -1 through 182 )	D	D	-1 - 182	1 - 184
9	9	chain 'D' and (resid 183 through 215 )	D	D	183 - 215	185 - 217
10	10	chain 'D' and (resid 216 through 408 )	D	D	216 - 408	218 - 322
11	11	chain 'F' and (resid -4 through 40 )	F	E	-4 - 40	1 - 45
12	12	chain 'F' and (resid 41 through 159 )	F	E	41 - 159	46 - 164
13	13	chain 'F' and (resid 160 through 182 )	F	E	160 - 182	165 - 187
14	14	chain 'F' and (resid 183 through 242 )	F	E	183 - 242	188 - 247
15	15	chain 'F' and (resid 243 through 296 )	F	E	243 - 296	248 - 301
16	16	chain 'F' and (resid 297 through 356 )	F	E	297 - 356	302 - 361
17	17	chain 'F' and (resid 357 through 382 )	F	E	357 - 382	362 - 387
18	18	chain 'F' and (resid 383 through 410 )	F	E	383 - 410	388 - 415
19	19	chain 'E' and (resid -4 through 199 )	E	G	-4 - 199	1 - 204
20	20	chain 'E' and (resid 200 through 306 )	E	G	200 - 306	205 - 311
21	21	chain 'E' and (resid 307 through 382 )	E	G	307 - 382	312 - 387
22	22	chain 'E' and (resid 383 through 408 )	E	G	383 - 408	388 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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