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万見
- PDB-8i7e: Crystal structure of Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i7e
タイトルCrystal structure of Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Salmonella typhi at 2.05A
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Kumar, N. / Dilawari, R. / Chaubey, G.K. / Modanwal, R. / Talukdar, S. / Dhiman, A. / Chaudhary, S. / Patidar, A. / Kumar, A. / Raje, C.I. ...Kumar, N. / Dilawari, R. / Chaubey, G.K. / Modanwal, R. / Talukdar, S. / Dhiman, A. / Chaudhary, S. / Patidar, A. / Kumar, A. / Raje, C.I. / Raje, M. / Kumaran, S.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research (CSIR) インド
Indian Council of Medical Research インド
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase from Salmonella typhi at 2.05A
著者: Kumar, N. / Dilawari, R. / Chaubey, G.K. / Modanwal, R. / Talukdar, S. / Dhiman, A. / Chaudhary, S. / Patidar, A. / Kumar, A. / Raje, C.I. / Raje, M. / Kumaran, S.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2632
ポリマ－71,2632
非ポリマー00
水3,441191
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,5264
ポリマ－142,5264
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area15150 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area43270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.901, 107.952, 122.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-474-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase


分子量: 35631.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌)
遺伝子: gapA_2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S3IK62
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2 M Imidazole pH 7.0, 40% PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年3月24日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→53.98 Å / Num. obs: 37312 / % possible obs: 97.81 % / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 10.01 Å2 / CC1/2: 0.979 / Net I/σ(I): 1.68
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / Num. unique obs: 37312 / CC1/2: 0.755

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→53.98 Å / SU ML: 0.2975 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.577
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2914 1849 4.94 %
Rwork0.2444 35614 -
obs0.2467 37312 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 15.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→53.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4920 0 0 191 5111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00234997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5496786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0446804
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6261700
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.10.47731490.43162632X-RAY DIFFRACTION95.24
2.1-2.160.36261280.32612680X-RAY DIFFRACTION96.3
2.16-2.230.38871270.34882671X-RAY DIFFRACTION96.38
2.23-2.310.50961350.39112688X-RAY DIFFRACTION96.68
2.31-2.410.28521290.26152703X-RAY DIFFRACTION97.19
2.41-2.520.24761490.23592727X-RAY DIFFRACTION97.49
2.52-2.650.27551410.22052681X-RAY DIFFRACTION97.65
2.65-2.810.24351660.22472739X-RAY DIFFRACTION98.18
2.82-3.030.2891560.24022720X-RAY DIFFRACTION98.49
3.03-3.340.24311330.19962795X-RAY DIFFRACTION98.72
3.34-3.820.24891400.20282795X-RAY DIFFRACTION99.16
3.82-4.810.20721400.15892834X-RAY DIFFRACTION99.5
4.81-53.980.22211560.17892949X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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