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- PDB-8i76: Crystal structure of decarboxylated osteocalcin at pH 2.0 without... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i76
タイトルCrystal structure of decarboxylated osteocalcin at pH 2.0 without glycerol
要素Osteocalcin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Ca-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of bone / hydroxyapatite binding / negative regulation of bone development / biomineral tissue development / regulation of testosterone biosynthetic process / response to vitamin K / type B pancreatic cell proliferation / regulation of bone mineralization / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of cellular response to insulin stimulus ...structural constituent of bone / hydroxyapatite binding / negative regulation of bone development / biomineral tissue development / regulation of testosterone biosynthetic process / response to vitamin K / type B pancreatic cell proliferation / regulation of bone mineralization / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of cellular response to insulin stimulus / brain development / hormone activity / bone development / cognition / cellular response to insulin stimulus / osteoblast differentiation / glucose homeostasis / learning or memory / calcium ion binding / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Osteocalcin/matrix Gla protein / Osteocalcin / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.381 Å
データ登録者Yokoyama, T. / Nabeshima, Y. / Obita, T. / Mizuguchi, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Structural and mutational analyses of decarboxylated osteocalcin provide insight into its adiponectin-inducing activity.
著者: Mizuguchi, M. / Yokoyama, T. / Otani, T. / Kuribara, S. / Nabeshima, Y. / Obita, T. / Hirata, M. / Kawano, K.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osteocalcin
B: Osteocalcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4952
ポリマ－8,4952
非ポリマー00
水82946
1
A: Osteocalcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2481
ポリマ－4,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Osteocalcin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2481
ポリマ－4,2481
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.105, 42.105, 36.711
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Osteocalcin / Bone Gla protein / BGP / Gamma-carboxyglutamic acid-containing protein


分子量: 4247.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: BGLAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02820
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulfate, HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.38→42.1 Å / Num. obs: 13177 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 4.87 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.38→1.43 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1247 / CC1/2: 0.885 / Rrim(I) all: 0.525

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.381→23.124 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2206 659 5 %
Rwork0.1945 --
obs0.1958 13174 98.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.381→23.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数518 0 0 46 564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.881763
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.209229
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07271
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3812-1.48790.23561280.18632444X-RAY DIFFRACTION97
1.4879-1.63760.22071320.16622504X-RAY DIFFRACTION100
1.6376-1.87440.20371330.17022516X-RAY DIFFRACTION100
1.8744-2.36120.19951320.20072517X-RAY DIFFRACTION100
2.3612-23.1240.23261340.20252534X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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