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- PDB-8i71: Hepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with Linve... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i71
タイトルHepatitis B virus core protein Y132A mutant in complex with Linvencorvir (RG7907), a Hepatitis B Virus (HBV) Core Protein Allosteric Modulator (CpAM)
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / capsid assembly inhibitor / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-OTI / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhou, Z. / Xu, Z.H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of Linvencorvir (RG7907), a Hepatitis B Virus Core Protein Allosteric Modulator, for the Treatment of Chronic HBV Infection.
著者: Zhang, W. / Guo, L. / Liu, H. / Wu, G. / Shi, H. / Zhou, M. / Zhang, Z. / Kou, B. / Hu, T. / Zhou, Z. / Xu, Z. / Zhou, X. / Zhou, Y. / Tian, X. / Yang, G. / Young, J.A.T. / Qiu, H. / ...著者: Zhang, W. / Guo, L. / Liu, H. / Wu, G. / Shi, H. / Zhou, M. / Zhang, Z. / Kou, B. / Hu, T. / Zhou, Z. / Xu, Z. / Zhou, X. / Zhou, Y. / Tian, X. / Yang, G. / Young, J.A.T. / Qiu, H. / Ottaviani, G. / Xie, J. / Mayweg, A.V. / Shen, H.C. / Zhu, W.
履歴
登録2023年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,67831
ポリマ－104,9216
非ポリマー4,75725
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19480 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area45250 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.392, 67.565, 86.246
Angle α, β, γ (deg.)68.60, 69.81, 83.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 17486.916 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147

-
非ポリマー , 6種, 728分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-OTI / 3-[(8~{a}~{S})-7-[[5-ethoxycarbonyl-4-(3-fluoranyl-2-methyl-phenyl)-2-(1,3-thiazol-2-yl)-1,4-dihydropyrimidin-6-yl]methyl]-3-oxidanylidene-5,6,8,8~{a}-tetrahydro-1~{H}-imidazo[1,5-a]pyrazin-2-yl]-2,2-dimethyl-propanoic acid / Linvencorvir


分子量: 598.689 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H35FN6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM citrate, 21%(vol/vol) isopropanol, 1%(W/V) PEG 10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 650539 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.811 / Num. unique obs: 160629

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.1精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→33.513 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1925 3952 2.47 %
Rwork0.1549 --
obs0.1558 159928 95.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.513 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7224 0 321 703 8248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0117860
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96610802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3064523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531189
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071359
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.61950.32091280.32485095X-RAY DIFFRACTION88
1.6195-1.640.32071430.31145338X-RAY DIFFRACTION91
1.64-1.66160.29861270.30335417X-RAY DIFFRACTION92
1.6616-1.68440.30261360.2815431X-RAY DIFFRACTION94
1.6844-1.70840.29511440.2695426X-RAY DIFFRACTION94
1.7084-1.73390.25541630.25295598X-RAY DIFFRACTION95
1.7339-1.7610.27611350.23155575X-RAY DIFFRACTION95
1.761-1.78990.24731240.22255565X-RAY DIFFRACTION95
1.7899-1.82070.23011520.21195561X-RAY DIFFRACTION96
1.8207-1.85380.23591350.19735530X-RAY DIFFRACTION95
1.8538-1.88950.2051490.18025592X-RAY DIFFRACTION95
1.8895-1.92810.22141370.17695615X-RAY DIFFRACTION96
1.9281-1.970.18321420.16725594X-RAY DIFFRACTION96
1.97-2.01580.19921660.16275572X-RAY DIFFRACTION96
2.0158-2.06620.19031310.15295633X-RAY DIFFRACTION96
2.0662-2.12210.19761410.15065598X-RAY DIFFRACTION97
2.1221-2.18450.20481360.13655650X-RAY DIFFRACTION96
2.1845-2.2550.19231400.14075670X-RAY DIFFRACTION96
2.255-2.33560.15631400.135635X-RAY DIFFRACTION97
2.3356-2.42910.18011490.13215626X-RAY DIFFRACTION97
2.4291-2.53960.19891470.14665654X-RAY DIFFRACTION97
2.5396-2.67340.1951320.15245688X-RAY DIFFRACTION97
2.6734-2.84080.20031510.1535663X-RAY DIFFRACTION97
2.8408-3.060.18341400.15025625X-RAY DIFFRACTION96
3.06-3.36770.18011390.14465604X-RAY DIFFRACTION96
3.3677-3.85440.17731390.13285654X-RAY DIFFRACTION97
3.8544-4.85380.15951460.1215803X-RAY DIFFRACTION99
4.8538-33.5130.18281400.15655564X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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