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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i6u | ||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of OsCyc1 dimer state | ||||||
![]() | Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic | ||||||
![]() | ISOMERASE / syn-copalyl diphosphate synthase / labdane-related diterpenoids / dimer cryo-EM structure / plant defense / PLANT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() syn-copalyl-diphosphate synthase / syn-copalyl diphosphate synthase activity / gibberellin biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / defense response / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | ||||||
![]() | Ma, X.L. / Xu, H.F. / Tong, Y.R. / Luo, Y.F. / Dong, Q.H. / Jiang, T. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional investigations of syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa. 著者: Xiaoli Ma / Haifeng Xu / Yuru Tong / Yunfeng Luo / Qinghua Dong / Tao Jiang / ![]() 要旨: The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic ...The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic decalin core, the copalyl diphosphates (CPPs). Three stereochemically distinct CPPs have been found in plants, namely (+)-CPP, ent-CPP and syn-CPP. Here, we used X-ray crystallography and cryo-EM methods to describe different oligomeric structures of a syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa (OsCyc1), and provided a cryo-EM structure of OsCyc1 mutant in complex with the substrate GGPP. Further analysis showed that tetramers are the dominant form of OsCyc1 in solution and are not necessary for enzyme activity in vitro. Through rational design, we identified an OsCyc1 mutant that can generate ent-CPP in addition to syn-CPP. Our work provides a structural and mechanistic basis for comparing different CPSs and paves the way for further enzyme design to obtain diterpene derivatives with specific chirality. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 930 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 978.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 35207MC ![]() 8i6pC ![]() 8i6tC ![]() 8ih5C ![]() 8kbwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88427.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CPS4, CYC1, Os04g0178300, LOC_Os04g09900, OSJNBa0096F01.12 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q0JF02, syn-copalyl-diphosphate synthase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Dimer state of OsCyc1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27984 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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