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万見
- PDB-8i6p: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i6p
タイトルThe cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
要素Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
キーワードISOMERASE / syn-copalyl diphosphate synthase / labdane-related diterpenoids / oligomer cryo-EM structure / plant defense / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


syn-copalyl-diphosphate synthase / syn-copalyl diphosphate synthase activity / gibberellin biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / defense response / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ma, X.L. / Xu, H.F. / Tong, Y.R. / Luo, Y.F. / Dong, Q.H. / Jiang, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structural and functional investigations of syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa.
著者: Xiaoli Ma / Haifeng Xu / Yuru Tong / Yunfeng Luo / Qinghua Dong / Tao Jiang /
要旨: The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic ...The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic decalin core, the copalyl diphosphates (CPPs). Three stereochemically distinct CPPs have been found in plants, namely (+)-CPP, ent-CPP and syn-CPP. Here, we used X-ray crystallography and cryo-EM methods to describe different oligomeric structures of a syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa (OsCyc1), and provided a cryo-EM structure of OsCyc1 mutant in complex with the substrate GGPP. Further analysis showed that tetramers are the dominant form of OsCyc1 in solution and are not necessary for enzyme activity in vitro. Through rational design, we identified an OsCyc1 mutant that can generate ent-CPP in addition to syn-CPP. Our work provides a structural and mechanistic basis for comparing different CPSs and paves the way for further enzyme design to obtain diterpene derivatives with specific chirality.
履歴
登録2023年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
C: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
D: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
A: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,7104
ポリマ－353,7104
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic / OsCPSsyn / Syn-CPP synthase / OsCPS4 / OsCyc1


分子量: 88427.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: CPS4, CYC1, Os04g0178300, LOC_Os04g09900, OSJNBa0096F01.12
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q0JF02, syn-copalyl-diphosphate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.32 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 8
詳細: (20 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 5 mM MgCl2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mmol/LTris baseTris1
2200 mmol/Lsodium chlorideNaCl1
32 mmol/LdithiothreitolDTT1
45 mmol/Lmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 1.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: R 1.2/1.3 Au 300 mesh holey carbon films (Quantifoil Micro Tools)
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4GctfCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149837 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 178.82 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005422508
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.74930460
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04253316
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00353920
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.36098332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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