PDB-8i6i: Crystal structure of cyclohexylamine oxidase from Acinetobacter s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i6i

タイトル

Crystal structure of cyclohexylamine oxidase from Acinetobacter sp. YT-02

要素

Amine oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / Cyclohexylamine oxidase

機能・相同性

: / Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Amine oxidase

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter sp. YT-02 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Han, Z. / Yan, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cyclohexylamine oxidase from Acinetobacter sp. YT-02
著者: Han, Z.

履歴

登録	2023年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2024年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i6i.cif.gz	206.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i6i.ent.gz	161 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i6i_validation.pdf.gz	953.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i6i_full_validation.pdf.gz	959.7 KB	表示
XML形式データ	8i6i_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	8i6i_validation.cif.gz	70 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Amine oxidase

C: Amine oxidase

ヘテロ分子

98.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.686, 129.372, 167.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-652- HOH
2	1	A-946- HOH

#1: タンパク質	Amine oxidase / Cyclohexylamine oxidase 分子量: 48541.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Cyclohexylamine oxidase is a member of amine oxidases that can catalyze the conversion of cyclohexylamine to cyclohexanone and hydrogen peroxide, which is involved in the primary and key step ...詳細: Cyclohexylamine oxidase is a member of amine oxidases that can catalyze the conversion of cyclohexylamine to cyclohexanone and hydrogen peroxide, which is involved in the primary and key step in the microbial degradation of cyclohexylamine. 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. YT-02 (バクテリア) 遺伝子: CF596_10820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2A5PFR1
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 912 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M sodium citrate (pH 5.5) and 20% PEG1000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→45.91 Å / Num. obs: 173006 / % possible obs: 89.52 % / 冗長度: 2 % / R_rim(I) all: 0.0217 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.49→1.543 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 12624 / R_rim(I) all: 0.351

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.49→45.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.089 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18855	8644	5 %	RANDOM
R_work	0.16236	-	-	-
obs	0.16364	165335	89.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.411 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.49→45.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6844	0	106	913	7863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6414
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.81	1.632	9714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.575	1.571	14832
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.725	5	894
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.397	22.123	358
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.392	15	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.534	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	8120
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.658	1.907	3582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.657	1.906	3581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.328	2.863	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.328	2.863	4475
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.267	2.258	3542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.268	2.259	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.871	3.254	5241
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.208	24.019	8463
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.792	23.215	8214
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.49→1.524 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	429	-
R_work	0.343	8404	-
obs	-	-	61.86 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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