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万見
- PDB-8i6h: Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i6h
タイトルCrystal structure of the African swine fever virus DNA sliding clamp (selenomethionine form)
要素ASFV DNA sliding clamp
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA polymerase processivity factor / sliding clamp (DNAクランプ)
機能・相同性: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / Uncharacterized protein E301R
機能・相同性情報
生物種African swine fever virus BA71V (アフリカ豚熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.292 Å
データ登録者Wu, J. / Gong, P.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2022YFC2303300 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000136 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of African swine fever virus pE301R reveals a ring-shaped trimeric DNA sliding clamp.
著者: Wu, J. / Zheng, H. / Gong, P.
履歴
登録2023年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASFV DNA sliding clamp
B: ASFV DNA sliding clamp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6442
ポリマ－73,6442
非ポリマー00
水2,234124
1
A: ASFV DNA sliding clamp

A: ASFV DNA sliding clamp

A: ASFV DNA sliding clamp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4663
ポリマ－110,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area34960 Å2
手法PISA
2
B: ASFV DNA sliding clamp

B: ASFV DNA sliding clamp

B: ASFV DNA sliding clamp


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4663
ポリマ－110,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.637, 146.637, 92.934
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 ASFV DNA sliding clamp


分子量: 36821.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (アフリカ豚熱ウイルス)
遺伝子: E301R / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q65196
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.37 % / Mosaicity: 0.488 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, PEG 3350, Ammonium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. obs: 33401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 43.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.121 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 267233
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.29-2.376.90.70733590.9080.2730.760.98299.5
2.37-2.4780.632960.9330.220.6391.025100
2.47-2.588.30.52433620.9410.1920.5581.058100
2.58-2.728.10.36533310.9720.1360.391.084100
2.72-2.898.50.24533420.9840.0890.2611.143100
2.89-3.118.40.17533440.990.0640.1861.084100
3.11-3.428.10.12233300.9930.0460.1311.081100
3.42-3.928.20.09233480.9960.0350.0981.057100
3.92-4.937.90.07433450.9960.0280.0791.174100
4.93-507.70.08133440.9950.0310.0871.474100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.292→22.854 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 28.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2288 1823 5.46 %
Rwork0.1811 31536 -
obs0.1837 33359 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.31 Å2 / Biso mean: 52.7489 Å2 / Biso min: 28.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.292→22.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4481 0 0 125 4606
Biso mean---53.52 -
残基数----554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0786192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044711
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005778
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9961686
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2922-2.35410.30171240.2421239798
2.3541-2.42330.28941090.23612455100
2.4233-2.50150.29231480.23752449100
2.5015-2.59070.3091580.24232397100
2.5907-2.69430.29821780.22462401100
2.6943-2.81670.31781090.21112465100
2.8167-2.96490.27531170.20042407100
2.9649-3.15030.23921470.20832437100
3.1503-3.39280.22971590.19712420100
3.3928-3.73290.23151280.16952445100
3.7329-4.270.21841330.16042433100
4.27-5.36820.16171490.13992429100
5.3682-22.8540.21861640.17062401100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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