PDB-8i6g: Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding cl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i6g

タイトル

Crystal structure of the African swine fever virus DNA sliding clamp (native form)

要素

ASFV DNA sliding clamp

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA polymerase processivity factor / sliding clamp

機能・相同性

: / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / Uncharacterized protein E301R

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus BA71V (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Wu, J. / Gong, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of African swine fever virus pE301R reveals a ring-shaped trimeric DNA sliding clamp.
著者: Wu, J. / Zheng, H. / Gong, P.

履歴

登録	2023年1月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i6g.cif.gz	128.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i6g.ent.gz	97.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i6g_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i6g_full_validation.pdf.gz	452 KB	表示
XML形式データ	8i6g_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	8i6g_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/8i6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i6hSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ASFV DNA sliding clamp

B: ASFV DNA sliding clamp

72.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ASFV DNA sliding clamp

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ASFV DNA sliding clamp

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	146.767, 146.767, 94.491
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	ASFV DNA sliding clamp 分子量: 36446.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus BA71V (ウイルス) 遺伝子: E301R / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q65196
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.22 % / Mosaicity: 0.496 °
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, PEG 3350, Ammonium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 69816 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.66 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.049 / Χ²: 0.977 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 332433

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.79-1.85	3.3	0.536	5902	0.805	0.323	0.63	0.943	81.7
1.85-1.93	3.7	0.404	6634	0.906	0.227	0.465	0.999	92.2
1.93-2.02	4.5	0.274	7011	0.969	0.141	0.309	1.042	97.8
2.02-2.12	5	0.199	7153	0.985	0.098	0.222	1.056	99.7
2.12-2.26	5.1	0.14	7196	0.992	0.069	0.156	1.024	100
2.26-2.43	5.3	0.088	7201	0.997	0.042	0.098	0.999	100
2.43-2.67	5.2	0.065	7179	0.997	0.032	0.073	0.952	100
2.67-3.06	5.2	0.047	7187	0.998	0.023	0.053	0.916	100
3.06-3.86	5.1	0.038	7202	0.999	0.018	0.042	0.858	100
3.86-50	5	0.034	7151	0.998	0.017	0.038	0.984	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8I6H

8i6h

解像度: 1.79→22.386 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 30.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2302	3714	5.35 %
R_work	0.203	65729	-
obs	0.2045	69443	97.13 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.54 Å² / B_iso mean: 42.7138 Å² / B_iso min: 23.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.79→22.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4452	0	0	222	4674
B_iso mean	-	-	-	45.2	-
残基数	-	-	-	-	554

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4547
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	6154
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	772
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.68	1666

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.79-1.8127	0.2879	122	0.2997	1971	79
1.8127-1.8365	0.2975	114	0.2976	2062	83
1.8365-1.8617	0.3488	141	0.2879	2127	86
1.8617-1.8882	0.3236	127	0.2876	2308	92
1.8882-1.9164	0.3107	138	0.2797	2371	94
1.9164-1.9463	0.3252	121	0.2645	2381	96
1.9463-1.9782	0.3066	123	0.2515	2495	98
1.9782-2.0123	0.3087	142	0.2558	2475	99
2.0123-2.0489	0.2573	157	0.2479	2447	99
2.0489-2.0883	0.2818	165	0.2512	2449	100
2.0883-2.1309	0.2688	120	0.2329	2552	100
2.1309-2.1772	0.2858	128	0.2395	2518	100
2.1772-2.2278	0.2454	118	0.2374	2504	100
2.2278-2.2834	0.276	127	0.2376	2551	100
2.2834-2.3451	0.2588	125	0.2201	2536	100
2.3451-2.414	0.2138	119	0.2315	2516	100
2.414-2.4919	0.2631	136	0.2323	2538	100
2.4919-2.5808	0.2741	161	0.2428	2499	100
2.5808-2.684	0.293	187	0.2404	2449	100
2.684-2.8059	0.2819	137	0.2282	2485	100
2.8059-2.9535	0.272	111	0.2273	2546	100
2.9535-3.1381	0.2764	139	0.2262	2509	100
3.1381-3.3796	0.2064	156	0.208	2499	100
3.3796-3.7183	0.2103	145	0.182	2486	100
3.7183-4.2532	0.1868	141	0.1722	2517	100
4.2532-5.3465	0.1642	146	0.1482	2498	100
5.3465-22.386	0.2147	168	0.1735	2440	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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