PDB-8i5j: Crystal structure of chitin oligosaccharide binding protein from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i5j

タイトル

Crystal structure of chitin oligosaccharide binding protein from Vibrio cholera.

要素

ABC transporter substrate-binding protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / chitin oligosaccharide / periplasmic / solute binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.602 Å

データ登録者

Ohnuma, T. / Takeshita, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Periplasmic chitooligosaccharide-binding protein requires a three-domain organization for substrate translocation.
著者: Ohnuma, T. / Tsujii, J. / Kataoka, C. / Yoshimoto, T. / Takeshita, D. / Lampela, O. / Juffer, A.H. / Suginta, W. / Fukamizo, T.

履歴

登録	2023年1月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i5j.cif.gz	237.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i5j.ent.gz	185.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i5j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i5j_validation.pdf.gz	431.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i5j_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	8i5j_validation.xml.gz	43.4 KB	表示
CIF形式データ	8i5j_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i5j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i5kC 4gf8S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter substrate-binding protein

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC transporter substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
61 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.120, 81.643, 87.273
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ABC transporter substrate-binding protein / Peptide/nickel transport system substrate-binding protein 分子量: 60977.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) 遺伝子: appA_1, appA, D6U24_16190, ERS013201_01979, ERS013202_02445, EYB64_10090, F0H40_11710, F0M16_04225, FLM12_17525 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085SLP2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 773 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dehydrate, Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.602→19.81 Å / Num. obs: 261371 / % possible obs: 91.63 % / 冗長度: 3.27 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 8.75
反射シェル	解像度: 1.602→1.69 Å / Num. unique obs: 28401 / CC_1/2: 0.519

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GF8

4gf8

解像度: 1.602→19.81 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 20.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	12870	4.92 %
R_work	0.1618	-	-
obs	0.1632	261324	91.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.602→19.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8475	0	2	773	9250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	8717
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.969	11873
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.774	5113
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6024-1.6206	0.3034	200	0.2956	4441	X-RAY DIFFRACTION	48
1.6206-1.6396	0.3154	273	0.2678	5285	X-RAY DIFFRACTION	59
1.6396-1.6596	0.2698	301	0.2529	5629	X-RAY DIFFRACTION	63
1.6596-1.6806	0.2822	319	0.2531	6129	X-RAY DIFFRACTION	68
1.6806-1.7027	0.2723	322	0.2491	6725	X-RAY DIFFRACTION	74
1.7027-1.726	0.2767	374	0.2278	7369	X-RAY DIFFRACTION	81
1.726-1.7507	0.2852	427	0.2145	8035	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7507-1.7768	0.2367	495	0.1914	8750	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7768-1.8045	0.2315	440	0.1819	8916	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8045-1.8341	0.2129	400	0.1757	8963	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8341-1.8657	0.1888	407	0.1721	8937	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8657-1.8996	0.1883	460	0.1691	8989	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8996-1.9361	0.2004	521	0.1666	8878	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9361-1.9756	0.2004	510	0.1596	8884	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9756-2.0185	0.21	489	0.1597	8936	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0185-2.0654	0.1947	475	0.1623	8908	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0654-2.117	0.2034	480	0.1591	8877	X-RAY DIFFRACTION	99
2.117-2.1742	0.2078	473	0.1508	8992	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1742-2.2381	0.1819	446	0.1483	8915	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2381-2.3102	0.1973	427	0.1486	8991	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3102-2.3926	0.1841	404	0.1546	9008	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3926-2.4883	0.2016	458	0.1671	8868	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4883-2.6013	0.2195	471	0.1647	8901	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6013-2.7381	0.195	439	0.1654	8927	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7381-2.9091	0.1806	475	0.1619	8854	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9091-3.1329	0.2058	501	0.1633	8855	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1329-3.4467	0.1791	479	0.1527	8800	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4467-3.9421	0.1614	487	0.1441	8892	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9421-4.9537	0.1453	434	0.1345	8897	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9537-19.81	0.1752	483	0.1654	8903	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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