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万見
- PDB-8i5i: Crystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i5i
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 delta variant spike receptor-binding domain (RBD) in complex with NCV2SG53 Fab
要素
  • Fab Heavy chain
  • Fab Light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / spike / coronavirus / viral protein / Fab / VIRUS / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Yamamoto, A. / Higashiura, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis of spike RBM-specific human antibodies counteracting broad SARS-CoV-2 variants.
著者: Shitaoka, K. / Higashiura, A. / Kawano, Y. / Yamamoto, A. / Mizoguchi, Y. / Hashiguchi, T. / Nishimichi, N. / Huang, S. / Ito, A. / Ohki, S. / Kanda, M. / Taniguchi, T. / Yoshizato, R. / ...著者: Shitaoka, K. / Higashiura, A. / Kawano, Y. / Yamamoto, A. / Mizoguchi, Y. / Hashiguchi, T. / Nishimichi, N. / Huang, S. / Ito, A. / Ohki, S. / Kanda, M. / Taniguchi, T. / Yoshizato, R. / Azuma, H. / Kitajima, Y. / Yokosaki, Y. / Okada, S. / Sakaguchi, T. / Yasuda, T.
履歴
登録2023年1月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Spike protein S1
H: Fab Heavy chain
L: Fab Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6943
ポリマ－72,6943
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.605, 77.605, 519.154
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 25332.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / Variant: delta / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 Fab Heavy chain


分子量: 24241.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fab Light chain


分子量: 23119.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→67.21 Å / Num. obs: 7419 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 17.8 % / Biso Wilson estimate: 77.22 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 3.05→3.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 371 / CC1/2: 0.73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.06→67.21 Å / SU ML: 0.4832 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.8995
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3725 386 5.21 %
Rwork0.2283 7019 -
obs0.2359 7405 39.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→67.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4780 0 0 0 4780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00934896
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1356654
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562736
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081855
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.84571752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.06-3.50.4292210.367393X-RAY DIFFRACTION6.84
3.5-4.410.3353860.26191463X-RAY DIFFRACTION25.15
4.41-67.210.37872790.21895163X-RAY DIFFRACTION82.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.109354896324-0.07255827818380.08668708991750.541769727638-0.4103856955890.3183149664410.0123856736903-0.1062046175470.1882422107490.21271861257-0.02501338863830.0863655865764-0.306943086844-0.1097028031150.0100163836963-0.180900794220.156752687281-0.3461477139230.2140030444440.350876640991-0.176065771674-32.71126.90930.561
20.413988278020.00957862432359-0.2481200720550.1401558577220.0003257617277610.5488540336450.0301632032783-0.185394450249-0.1292541249280.09791139947960.2125400504560.13776229171-0.2848718503560.02046838866340.08735141432260.280579178969-0.3924926650270.02362473189430.8294911541210.1391797907360.435121746617-68.83321.0139.202
30.6900107955030.120220124022-0.1044180678960.0402340960968-0.03402675224520.210879952455-0.03141894227610.310885093478-0.1216078125080.157678147054-0.07375192824420.2253449532990.0539071580828-0.0622095998535-0.02464196248620.321132720522-0.09391539668320.02367044854360.3568848900030.1648616253960.307035565588-37.6517.82111.238
40.543224694799-0.133108546810.1662601079670.612176869129-0.2286474618122.165085854370.0619303251589-0.152302337907-0.5535583249510.198266853333-0.0499931638943-0.170424628506-0.165521534058-0.5656521048370.058458037127-0.0560597401486-0.231717453101-0.06191771929550.4369763930210.1226120928790.457612930484-65.43524.17123.226
50.2034796087280.05300591006380.04296442463440.01286726282170.01231873574240.00991899911417-0.335055188855-0.147063198359-0.9347839731420.2164099124120.2627013449160.1853677779870.153236997522-0.3544686461240.01813847783650.999627553103-0.05199226373830.4070604761950.5545757319780.04819324621550.624230191458-13.48410.635-22.581
60.120313270506-0.09205559954390.00761220635390.06805723568940.01586578317090.304195916687-0.2321212599920.2424872342340.529420017688-0.3456152902950.336723138679-0.69814243217-0.964029485786-0.355021877767-0.02243349468810.6363332714260.0102734047850.1486895166390.579897063192-0.02730166520610.559091469066-12.42622.172-31.496
70.5142190405730.02572581019450.02553802484840.268365096461-0.3333363591020.3531185879260.201250269483-0.196824554583-0.2233211780910.2273912862520.0788683252683-0.223395512445-0.154239563501-0.3306863236080.005474019663260.0779770916129-0.04722238968710.07831099016160.3360588681010.05788843987770.420192644731-15.40220.037-9.492
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN L AND RESID 1:108 )L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN L AND RESID 109:213 )L109 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:118 )H1 - 118
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 119:223 )H119 - 223
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN R AND RESID 335:365 )R335 - 365
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN R AND RESID 366:391 )R366 - 391
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN R AND RESID 392:525 )R392 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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