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万見
- PDB-8i53: Solution structure of the PH domain from the Tfb1 subunit of fiss... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i53
タイトルSolution structure of the PH domain from the Tfb1 subunit of fission yeast TFIIH
要素General transcription and DNA repair factor IIH subunit tfb1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor Nucleotide excision repair factor Nuclear protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events ...Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / nucleotide-excision repair factor 3 complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription by RNA polymerase I / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit tfb1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Okuda, M. / Nishimura, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2023
タイトル: Structural polymorphism of the PH domain in TFIIH.
著者: Okuda, M. / Nishimura, Y.
履歴
登録2023年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription and DNA repair factor IIH subunit tfb1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3051
ポリマ－12,3051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 General transcription and DNA repair factor IIH subunit tfb1 / TFIIH subunit tfb1 / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit / RNA polymerase II ...TFIIH subunit tfb1 / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor B p73 subunit / RNA polymerase II transcription factor B subunit 1


分子量: 12304.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
遺伝子: tfb1, SPAC16E8.11c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O13745

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
123isotropic12D 1H-13C HSQC
133isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
142isotropic23D CBCA(CO)NH
152isotropic23D HN(CA)CB
162isotropic23D HN(CO)CA
172isotropic23D HNCA
182isotropic23D HNCO
192isotropic23D HN(CA)CO
1102isotropic23D HBHA(CO)NH
1112isotropic23D HBHANH
1122isotropic23D C(CO)NH
1132isotropic23D H(CCO)NH
1142isotropic23D HN(CO)HB
1152isotropic23D HNHB
1162isotropic23D HN(CO)CG
1172isotropic23D HNCG
1181isotropic13D 1H-15N NOESY
1193isotropic13D 1H-13C NOESY
1203isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.9 mM [U-15N] Tfb1, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.9 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 90% H2O/10% D2O13C15N_H20_sample90% H2O/10% D2O
solution30.9 mM [U-13C; U-15N] Tfb1, 100% D2O13C15N_D20_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMTfb1[U-15N]1
0.9 mMTfb1[U-13C; U-15N]2
0.9 mMTfb1[U-13C; U-15N]3
試料状態詳細: 20mM KPB(pH6.8), 5mM d-DTT / イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD9501
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
MAGROKobayashi, Iwahara, Koshiba, Tomizawa, Tochio, Guntert, Kigawa, Yokoyamapeak picking
MAGROKobayashi, Iwahara, Koshiba, Tomizawa, Tochio, Guntert, Kigawa, Yokoyamachemical shift assignment
NMRViewJJohnson, Blevinspeak picking
NMRViewJJohnson, Blevinschemical shift assignment
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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