PDB-8i52: Crystal structure of VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i52

タイトル

Crystal structure of VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with 10-HHIA

要素

Beta-lactamase class B VIM-2

キーワード

HYDROLASE / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Wachino, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of VIM-2 Metallo-beta-lactamase in complex with 10-HHIA
著者: Wachino, J.

履歴

登録	2023年1月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i52.cif.gz	121.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i52.ent.gz	88.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i52_validation.pdf.gz	765.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i52_full_validation.pdf.gz	766.3 KB	表示
XML形式データ	8i52_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	8i52_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/8i52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yd7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase class B VIM-2

D: Beta-lactamase class B VIM-2

ヘテロ分子

53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase class B VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Beta-lactamase class B VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.320, 79.250, 67.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 130.140, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-453- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / ...BlaVIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase 分子量: 26142.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-OR6 / (2~{S})-2-butyl-3-methylidene-butanedioic acid 分子量: 186.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₉H₁₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium formate dehydrate, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.58→55.393 Å / Num. obs: 55926 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 1.58→1.67 Å / R_merge(I) obs: 0.204 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique obs: 8043 / R_pim(I) all: 0.084 / R_rim(I) all: 0.221

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YD7

5yd7

解像度: 1.58→55.393 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.188 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 1.316 / SU ML: 0.048 / Average fsc free: 0.9795 / Average fsc work: 0.9864 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1784	2909	5.202 %
R_work	0.1474	53016	-
all	0.149	-	-
obs	-	55925	99.576 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.028 Å²	0 Å²	-0.105 Å²
2-	-	0.158 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→55.393 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3486	0	31	602	4119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3758
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.735	1.656	5142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.583	1.567	7740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.551	5	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.682	5	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.202	10	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.581	10	164
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	739
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1966
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.936	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.232	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.176	1.113	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.176	1.114	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.782	1.668	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.782	1.668	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.1	1.324	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.099	1.324	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.101	1.905	2713
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.1	1.905	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.676	19.974	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.55	19.358	4130

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.58-1.621	0.196	234	0.161	3832	0.163	4125	0.975	0.984	98.5697	0.145
1.621-1.665	0.203	263	0.155	3709	0.158	4013	0.976	0.985	98.9783	0.14
1.665-1.714	0.184	230	0.153	3661	0.155	3924	0.98	0.985	99.159	0.141
1.714-1.766	0.174	195	0.145	3608	0.147	3830	0.981	0.987	99.295	0.136
1.766-1.824	0.177	179	0.149	3490	0.151	3691	0.981	0.986	99.404	0.142
1.824-1.888	0.196	177	0.15	3395	0.152	3592	0.977	0.986	99.4432	0.146
1.888-1.959	0.177	180	0.156	3212	0.157	3406	0.98	0.985	99.589	0.153
1.959-2.039	0.185	132	0.154	3201	0.155	3343	0.977	0.985	99.7009	0.156
2.039-2.13	0.17	183	0.15	3002	0.151	3191	0.982	0.986	99.812	0.155
2.13-2.234	0.201	177	0.15	2831	0.153	3012	0.976	0.986	99.8672	0.156
2.234-2.354	0.177	135	0.14	2797	0.142	2934	0.981	0.988	99.9318	0.15
2.354-2.497	0.182	131	0.142	2619	0.144	2750	0.98	0.988	100	0.156
2.497-2.669	0.191	133	0.14	2439	0.143	2572	0.974	0.988	100	0.154
2.669-2.882	0.183	158	0.144	2241	0.147	2399	0.982	0.987	100	0.164
2.882-3.156	0.147	85	0.142	2153	0.142	2238	0.986	0.988	100	0.16
3.156-3.527	0.163	89	0.15	1901	0.15	1990	0.984	0.988	100	0.17
3.527-4.07	0.141	81	0.138	1705	0.138	1786	0.988	0.989	100	0.163
4.07-4.978	0.144	50	0.132	1465	0.132	1515	0.987	0.991	100	0.166
4.978-7.012	0.242	53	0.167	1118	0.17	1171	0.985	0.987	100	0.2
7.012-55.393	0.198	44	0.168	636	0.17	680	0.983	0.979	100	0.209

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