PDB-8i4r: Crystal structure of Acyl-CoA dehydrogenase complexed with Acetyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i4r

タイトル

Crystal structure of Acyl-CoA dehydrogenase complexed with Acetyl-CoA from Thermobifida fusca

要素

Acyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Acyl-CoA dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く; 補欠分子族としてFADを用いる / 3-methylbutanoyl-CoA dehydrogenase activity / L-leucine catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermobifida fusca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Choi, M. / Seok, J. / Kim, K.-J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acyl-CoA dehydrogenase complexed with Acetyl-CoA from Thermobifida fusca
著者: Choi, M. / Kim, K.-J.

履歴

登録	2023年1月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年1月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i4r.cif.gz	92.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i4r.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i4r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i4r_validation.pdf.gz	967.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i4r_full_validation.pdf.gz	975.1 KB	表示
XML形式データ	8i4r_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8i4r_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i4r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i4r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

44.9 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Acyl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, tetramer
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.143, 102.143, 312.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-533- HOH
2	1	A-572- HOH

#1: タンパク質	Acyl-CoA dehydrogenase 分子量: 43318.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida fusca (バクテリア) / 株: strain YX / 遺伝子: Tfu_1647 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47PD7
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S / タイプ*: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Ammonium sulfate Sodium citrate Potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2022年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97934 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 27192 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 0.039 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.54	7	0.313	2709	1.995	1	100
2.54-2.59	7.1	0.294	2713	2.018	1	100
2.59-2.64	7.2	0.272	2718	2.09	1	100
2.64-2.69	7.2	0.238	2681	2.049	1	100
2.69-2.75	7.3	0.221	2740	2.115	1	100
2.75-2.82	7.4	0.197	2685	2.157	1	100
2.82-2.89	7.4	0.185	2714	2.215	1	100
2.89-2.96	7.5	0.171	2712	2.323	1	100
2.96-3.05	7.5	0.143	2700	2.412	1	100
3.05-3.15	7.6	0.135	2682	2.622	1	100
3.15-3.26	7.6	0.12	2724	2.761	1	100
3.26-3.39	7.6	0.106	2734	2.941	1	100
3.39-3.55	7.6	0.097	2679	3.17	1	100
3.55-3.73	7.6	0.085	2752	3.375	1	100
3.73-3.97	7.6	0.077	2681	3.614	1	100
3.97-4.27	7.5	0.073	2712	3.731	1	100
4.27-4.7	7.5	0.069	2699	3.76	1	100
4.7-5.38	7.5	0.066	2717	3.211	1	100
5.38-6.78	7.4	0.069	2724	2.981	1	100
6.78-50	6.9	0.059	2698	3.873	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	v7.1.018	精密化
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→32.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.951 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19488	1426	5 %	RANDOM
R_work	0.16551	-	-	-
obs	0.16701	27192	98.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.3 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.51→32.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2932	0	104	72	3108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.834	1.649	4198
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.605	1.556	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.107	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.431	9.516	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.376	10	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	612
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.611	2.915	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.592	2.914	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.624	4.364	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.623	4.367	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.502	3.522	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.503	3.524	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.406	5.106	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.235	37.87	3503
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.236	37.871	3502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.571 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.207	101	-
R_work	0.201	1935	-
obs	-	-	97.37 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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