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- PDB-8i4l: Capsid structure of the Cyanophage P-SCSP1u -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i4l
タイトルCapsid structure of the Cyanophage P-SCSP1u
要素The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
キーワードVIRUS / Whole virus / Capsid / cyanophage / T7-like virus
生物種Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Liu, H. / Dang, S.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC) 香港
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of cyanophage P-SCSP1u offers insights into DNA gating and evolution of T7-like viruses.
著者: Lanlan Cai / Hang Liu / Wen Zhang / Shiwei Xiao / Qinglu Zeng / Shangyu Dang /
要旨: Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria ...Cyanophages, together with their host cyanobacteria, play important roles in marine biogeochemical cycles and control of marine food webs. The recently identified MPP-C (Marine Picocyanobacteria Podovirus clade C) cyanophages, belonging to the T7-like podoviruses, contain the smallest genomes among cyanopodoviruses and exhibit distinct infection kinetics. However, understanding of the MPP-C cyanophage infection process is hindered by the lack of high-resolution structural information. Here, we report the cryo-EM structure of the cyanophage P-SCSP1u, a representative member of the MPP-C phages, in its native form at near-atomic resolution, which reveals the assembly mechanism of the capsid and molecular interaction of the portal-tail complex. Structural comparison of the capsid proteins of P-SCSP1u and other podoviruses with known structures provides insights into the evolution of T7-like viruses. Furthermore, our study provides the near-atomic resolution structure of portal-tail complex for T7-like viruses. On the basis of previously reported structures of phage T7, we identify an additional valve and gate to explain the DNA gating mechanism for the T7-like viruses.
履歴
登録2023年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
A: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
B: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
C: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
E: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
F: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
G: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,1237
ポリマ－246,1237
非ポリマー00
水00
1
D: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
A: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
B: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
C: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
E: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
F: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
G: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,767,384420
ポリマ－14,767,384420
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
A: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
B: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
C: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
E: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
F: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
G: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.23 MDa, 35 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,230,61535
ポリマ－1,230,61535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
D: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
A: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
B: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
C: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
E: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
F: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
G: The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.48 MDa, 42 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,476,73842
ポリマ－1,476,73842
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
The capsid protein(gp 19) of P-SCSP1u


分子量: 35160.438 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Prochlorococcus phage P-SCSP1u / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Prochlorococcus phage P-SCSP1u (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Prochlorococcus
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影平均露光時間: 4.5 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得The EPU was used to automatically collect images.
4cryoSPARC2.15CTF補正
10cryoSPARC2.15初期オイラー角割当
11cryoSPARC2.15最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13cryoSPARC2.15分類
14cryoSPARC2.15３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 732864 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00317500
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5523772
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8082450
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0422779
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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