PDB-8i45: Interaction between a fluoroquinolone derivative KG022 and RNAs: ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i45

タイトル

Interaction between a fluoroquinolone derivative KG022 and RNAs: effect of base pairs 3' adjacent to the bulge out residues

要素

RNA-G-3GC-uucg

キーワード

RNA / fluoroquinolone / interaction / specificity

機能・相同性

Chem-53D / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Ichijo, R. / Kamimura, T. / Kawai, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Interaction between a fluoroquinolone derivative KG022 and RNAs: Effect of base pairs 3' adjacent to the bulged residues.
著者: Ichijo, R. / Kamimura, T. / Kawai, G.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i45.cif.gz	149.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i45.ent.gz	123.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i45.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8i45_validation.pdf.gz	414.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8i45_full_validation.pdf.gz	478.6 KB	表示
XML形式データ	8i45_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	8i45_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i45 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/8i45	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8i43C 8i44C 8i46C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
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開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-G-3GC-uucg

ヘテロ分子

6.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: RNA鎖	RNA-G-3GC-uucg 分子量: 6085.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 化合物	ChemComp-53D / 1-cyclopropyl-N-[3-(dimethylamino)propyl]-7-(4-ethylpiperazin-1-yl)-6-fluoranyl-4-oxidanylidene-quinoline-3-carboxamide 分子量: 443.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₃₄FN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細

タイプ: solution
内容: 0.45 mM RNA-G-3GC-uucg, 0.675 mM KG022, 95% H2O/5% D2O
Label: sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.45 mM	RNA-G-3GC-uucg	none	1
0.675 mM	KG022	none	1

試料状態

イオン強度: 50 mM / Label: sample / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Sparky	3	Goddard	chemical shift assignment
CNS	1.3	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
Sparky	3	Goddard	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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