PDB-8i3x: Rice APIP6-RING homodimer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8i3x

タイトル

Rice APIP6-RING homodimer

要素

RING-type domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

rice (米) / E3 ubiquitin transferases/ligase

機能・相同性

E3 ubiquitin-protein ligase RFI2 /

Ring finger domain /

薬指 / Zinc finger RING-type profile. /

Zinc finger, RING-type / ubiquitin-protein transferase activity /

Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / RING-type domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Liu, J. / Wang, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Phytopathol Res / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of rice APIP6 reveals a new dimerization mode of RING-type E3 ligases that facilities the construction of its working model
著者: Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Zhu, T. / Wu, X. / Ning, Y. / Liu, J. / Wang, D.

履歴

登録	2023年1月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8i3x.cif.gz	64.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8i3x.ent.gz	45.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8i3x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RING-type domain-containing protein

B: RING-type domain-containing protein

ヘテロ分子

15.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.239, 46.577, 83.182
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	RING-type domain-containing protein 分子量: 7832.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: OsI_18510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8AY66
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: ammonium fluoride, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.78→40.64 Å / Num. obs: 13316 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 12.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 40.5
反射シェル	解像度: 1.78→1.844 Å / Num. unique obs: 1294 / CC_1/2: 0.988

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.78→40.64 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	620	4.66 %
R_work	0.1856	-	-
obs	0.1878	13305	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	892	0	4	90	986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	902
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.743	1212
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.327	536
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	132
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	158

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7801-1.9592	0.2338	150	0.2338	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9592-2.2427	0.2443	150	0.1956	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2427-2.8254	0.2355	159	0.2237	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8254-40.64	0.2281	161	0.1671	3314	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1404	3.9909	-0.4172	3.3396	1.1304	2.5997	-0.1109	0.0255	-0.6256	0.2649	-0.0973	-0.4022	-0.308	-0.5106	0.3596	0.333	0.0383	0.0099	0.32	0.0031	0.4703	6.2503	-10.2464	-18.9976
2	2.1907	-1.1064	0.6544	3.2261	-3.076	3.1188	0.1506	-0.464	-0.2803	1.1492	0.0448	-0.4999	-0.1441	0.8356	-0.1802	0.5114	0.0277	-0.0434	0.3828	-0.0118	0.5332	10.012	-7.6808	-16.1683
3	6.7709	1.6004	0.3881	2.3236	0.4543	9.7564	0.2202	-0.6009	-1.4296	0.2913	-0.0438	-0.8573	1.3389	0.7699	0.0507	0.5234	0.08	0.003	0.3163	0.0366	0.6987	8.3048	-4.6529	-10.649
4	4.811	4.1494	0.0073	3.7192	-0.3846	1.0521	-0.2526	0.2197	-0.0429	-0.2584	0.392	0.9825	0.5594	-0.9321	-0.2653	0.3576	-0.0687	-0.0166	0.3793	0.02	0.4489	-4.6867	-5.4973	-15.0321
5	3.6813	0.4213	0.7181	3.9007	0.2376	1.9017	-0.1019	-0.0255	0.0919	-0.2082	0.0749	0.003	-0.1025	0.0531	0.0288	0.3221	-0.0082	0.0075	0.2594	-0.0343	0.3149	1.791	2.4146	-18.1996
6	8.4649	-0.831	0.1321	7.3227	1.0724	7.4846	-0.0409	0.1661	-0.5378	-0.3774	-0.2059	0.8355	0.2528	-0.0468	0.1906	0.4186	0.011	0.0145	0.2568	-0.0272	0.4695	-5.4094	-4.0266	-22.8165
7	6.8432	4.2034	1.9003	2.8943	2.374	5.3757	0.1516	-0.0706	0.1942	0.7251	-0.192	0.9415	0.2946	-0.122	0.1481	0.4076	0.077	0.0239	0.326	-0.03	0.446	-4.7992	8.8074	-13.9129
8	8.7688	-1.4517	6.5119	3.42	-3.4132	8.6077	0.4185	-0.9772	-0.6221	0.7781	-0.0713	0.4049	0.4471	-0.4659	-0.6857	0.8453	-0.0099	0.0435	0.586	0.0196	0.3761	-0.6778	0.8431	2.7217
9	2.0852	-1.1094	-2.4421	7.1577	-0.1108	9.6951	-0.3389	0.5841	-0.5712	-0.3583	-0.0605	1.309	0.7653	-0.669	0.1449	0.6923	-0.1163	0.0946	0.5599	-0.0969	0.5118	-4.4364	0.7279	-1.2051
10	0.7002	1.7275	0.0221	7.6525	1.7977	8.0629	0.1367	-1.1631	-2.0296	0.1244	0.2712	0.9055	1.1463	-0.9269	-0.2939	0.5303	-0.0607	-0.0226	0.4674	0.0913	0.5958	-2.5667	-2.0171	-7.073
11	1.3456	2.1501	-1.6467	3.5235	-2.0049	8.1853	-1.0997	-0.6143	0.8182	0.5518	0.1482	-1.3715	0.4598	0.8078	0.6951	0.4458	0.1264	-0.2036	0.6439	0.0857	0.52	10.4661	-0.4858	-2.6666
12	9.0589	1.0827	-0.5999	3.1027	-0.2365	4.1721	0.0858	-0.6833	0.4307	0.1529	0.0607	-0.0097	-0.1118	0.2196	-0.119	0.3745	0.022	0.0005	0.2904	-0.061	0.307	4.994	7.5364	-7.151
13	3.1326	-0.4195	-1.0711	4.0269	-0.5148	5.5857	-1.1338	-1.7901	0.4874	2.3667	1.0487	0.6378	-0.2023	0.6228	0.0645	0.8633	0.1821	0.0664	0.6388	-0.0264	0.4066	11.646	7.0083	0.8901
14	2.9428	-4.2704	3.9054	9.5433	-2.4651	9.7103	0.1574	-0.0697	0.6942	-0.0347	0.0363	-0.7023	-0.157	0.6203	-0.1038	0.3084	-0.0493	-0.0017	0.3813	-0.0304	0.3721	11.9372	7.396	-14.4532

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 32 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 58 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 59 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 82 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 83 through 91 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 36 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 37 through 46 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 47 through 53 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 58 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 59 through 77 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 78 through 82 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 91 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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