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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8i3x | ||||||
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タイトル | Rice APIP6-RING homodimer | ||||||
要素 | RING-type domain-containing protein | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / rice / E3 ubiquitin transferases/ligase | ||||||
機能・相同性 | E3 ubiquitin-protein ligase RFI2 / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / ubiquitin-protein transferase activity / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / RING-type domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Oryza sativa (イネ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Liu, J. / Wang, D. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Phytopathol Res / 年: 2023 タイトル: Crystal structure of rice APIP6 reveals a new dimerization mode of RING-type E3 ligases that facilities the construction of its working model 著者: Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Zhu, T. / Wu, X. / Ning, Y. / Liu, J. / Wang, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8i3x.cif.gz | 64.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8i3x.ent.gz | 45.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8i3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8i3x_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8i3x_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8i3x_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8i3x_validation.cif.gz | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i3/8i3x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7832.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: OsI_18510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8AY66 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: ammonium fluoride, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→40.64 Å / Num. obs: 13316 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 40.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.844 Å / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 0.988 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.78→40.64 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.84 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→40.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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