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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8i3x | ||||||
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Title | Rice APIP6-RING homodimer | ||||||
![]() | RING-type domain-containing protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / rice / E3 ubiquitin transferases/ligase | ||||||
Function / homology | E3 ubiquitin-protein ligase RFI2 / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / ubiquitin-protein transferase activity / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / RING-type domain-containing protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Liu, J. / Wang, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of rice APIP6 reveals a new dimerization mode of RING-type E3 ligases that facilities the construction of its working model Authors: Zheng, Y. / Zhang, X. / Liu, Y. / Zhu, T. / Wu, X. / Ning, Y. / Liu, J. / Wang, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 64.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 45.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 7832.927 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 41.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion / Details: ammonium fluoride, PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.78→40.64 Å / Num. obs: 13316 / % possible obs: 99.89 % / Redundancy: 12.1 % / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 40.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.78→1.844 Å / Num. unique obs: 1294 / CC1/2: 0.988 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.78→40.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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