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- PDB-8i3j: Crystal structure of human inner-arm dynein heavy chain d stalk a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i3j
タイトルCrystal structure of human inner-arm dynein heavy chain d stalk and microtubule binding domain
要素Dynein axonemal heavy chain 1
キーワードMOTOR PROTEIN / CONTRACTILE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


inner dynein arm / axonemal dynein complex / sperm axoneme assembly / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / flagellated sperm motility / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / microtubule motor activity ...inner dynein arm / axonemal dynein complex / sperm axoneme assembly / inner dynein arm assembly / cilium-dependent cell motility / epithelial cilium movement involved in extracellular fluid movement / flagellated sperm motility / dynein complex / minus-end-directed microtubule motor activity / microtubule motor activity / dynein light intermediate chain binding / dynein intermediate chain binding / axoneme / sperm flagellum / microtubule / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Histone Acetyltransferase; Chain A - #20 / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain ...Histone Acetyltransferase; Chain A - #20 / Dynein heavy chain 3, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Dynein heavy chain, AAA 5 extension domain / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain / Dynein heavy chain, C-terminal domain, barrel region / Dynein heavy chain C-terminal domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Histone Acetyltransferase; Chain A / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein axonemal heavy chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Ko, S. / Yu, J. / Toda, A. / Tanaka, H. / Kurisu, G.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H02390 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2023
タイトル: Crystal structure of the stalk region of axonemal inner-arm dynein-d reveals unique features in the coiled-coil and microtubule-binding domain.
著者: Ko, S. / Toda, A. / Tanaka, H. / Yu, J. / Kurisu, G.
履歴
登録2023年1月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.22023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein axonemal heavy chain 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4881
ポリマ－31,4881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)147.468, 147.468, 85.075
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 Dynein axonemal heavy chain 1 / Axonemal beta dynein heavy chain 1 / Ciliary dynein heavy chain 1 / Heat shock regulated protein 1 ...Axonemal beta dynein heavy chain 1 / Ciliary dynein heavy chain 1 / Heat shock regulated protein 1 / HSRF-1 / hDHC7


分子量: 31487.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAH1, DHC7, DNAHC1, KIAA1410 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P2D7
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium sodium tartrate tetrahydrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 28811 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 83.35 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1231 / Rpim(I) all: 0.02019 / Rrim(I) all: 0.1248 / Net I/σ(I): 24.83
反射 シェル解像度: 2.69→2.85 Å / 冗長度: 19.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 4588 / CC1/2: 0.975 / Rrim(I) all: 2.062 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
AutoSol位相決定
PHENIX1.19.2-4158精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.69→42.57 Å / SU ML: 0.4326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.8169
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 1450 5.1 %
Rwork0.2577 26987 -
obs0.2582 28437 98.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→42.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2172 0 0 0 2172
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01032201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.42192963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0712334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0121391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3423870
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.780.45761110.46282663X-RAY DIFFRACTION94.74
2.78-2.890.39951530.42132672X-RAY DIFFRACTION97.78
2.89-3.030.42841530.37722626X-RAY DIFFRACTION97.58
3.03-3.180.39221660.37562646X-RAY DIFFRACTION98.12
3.18-3.380.36381540.35922736X-RAY DIFFRACTION99.18
3.38-3.650.38721230.31492729X-RAY DIFFRACTION98.51
3.65-4.010.29671480.28112696X-RAY DIFFRACTION98.99
4.01-4.590.26441550.2352728X-RAY DIFFRACTION99.62
4.59-5.780.31951580.23342727X-RAY DIFFRACTION99.9
5.78-42.570.1361290.19262764X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.3415987532 Å / Origin y: 34.9466311044 Å / Origin z: 84.5638404472 Å
111213212223313233
T1.29501662217 Å20.172091310828 Å20.0396673271483 Å2-0.955822881575 Å20.0218315931764 Å2--1.06649208363 Å2
L1.06830148529 °2-0.928251446196 °2-1.25776412633 °2-1.25679665457 °22.1008395432 °2--3.41999758956 °2
S0.325644872542 Å °0.313612666843 Å °0.0191353214538 Å °-0.249484894968 Å °-0.317902855817 Å °0.00633504951394 Å °-0.3898033474 Å °-0.535423903393 Å °0.0161114784581 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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